关于此案真凶到底是不是袁世凯其实一直缺少有力的证据。洪述祖在给应桂馨的文件中说，他曾就此事向袁世凯汇报过，但到底是如何汇报的却未曾偷露。不排除洪述祖为了在应桂馨面前显摆自己的身份而故意捏造或者夸大事实。
据国民党要人张继的回忆录，当时京师的警察总监王治馨后来告诉他，洪述祖在南行之前确实见过一次袁世凯。当时洪说，现在国事如此，都是因为有几个人在反对总统，如果能把这几个反对总统的人一一除掉，天下不就大治了吗?袁世凯听了这个几乎毫无政治智慧的提议笑了笑说，现在一面捣乱都快应付不过来，如果再来个两面捣乱就更加麻烦了。
之后，洪又见了一次袁世凯，那时候，宋教仁已经被害，但真凶尚未查出。袁问，宋教仁是何人所害?洪说，是我们的人，要为大总统出死力的。据说，袁世凯听了后脸SE很不好看。洪见状，知道惹了祸，于是找了个借口回天津了。
照小编分析，这几段对话或许真是当时的实请，因为袁世凯如真有心杀宋教仁，他不会如此动手，理由有三：
第一，从天时上看，袁世凯不会把时机选在自己发电报邀请宋教仁北上的时候，因为这样一来他嫌疑最大;
第二，从地利上看，袁世凯不会选择在车站这种人来人往的地方下手，因为车站人流密集，很容易把事请闹得不可收拾;
第三，从人和上看，身为一国元首的袁世凯底下高手如云，再怎么着也不会采用聘请业余杀手这种极不入流的办法。
另外值得一提的是，宋教仁本人即使到死也未曾怀疑过袁世凯。被刺住院期间，宋教仁写有一封绝笔上大总统书。在文中，宋教仁先是叙述了自己的受害经过，然后讲了讲现在的时局，最后他对袁大总统提出了希望——开诚布公，保障民权。
宋教仁的死让国民党人彻底心寒了，就好比一个小媳妇朝思暮想着M恋于小三的老公能回心转意，一直忍气吞声，可最后这老公不但不思悔改相反还占着自己的主导地位得寸进尺。那么到这个时候，最坚韧的忍耐背后往往是最彻底的决裂。
大战迫在眉睫，很多人躲在角落里等着看戏，就像现在很多人都喜欢看的抢毙犯人。但遗憾的是这回小媳妇手里无兵无抢，各地的声援人士(反袁义士)又多半只是些地方杂牌部队，其武器装备，唬唬老百姓还可以，要真拿到战场上红刀子进白刀子出，十有八九就怂了。
再加上各地军队各自为战，缺乏统一的调度和指挥，始终汇不成革命的洪流，所以这反袁斗争刚一打响便接近了尾声。徐州、广东、湖南的反袁人士在强大的北洋军队打击下一触即溃，南京、上海好歹打了几天，但伤亡惨重，无兵无钱无积蓄的国民党人根本就耗不起。
孙中山本计划等战争打响后，亲自南下广州坐阵指挥，但当他8月2日还刚到福建马尾，广东那边就传来了反袁失败的消息。孙中山于是不得不在日本人的保护下狼狈的从福州乘船前往台湾并辗转东渡日本。
袁世凯料定孙中山必逃日本，遂紧急照会日本大使不得收留孙中山，无奈袁世凯在日本人那里说话没多少分量，而且孙中山在日经营多年，关系网众多，非袁世凯的触角能烧扰到。在日本安顿下来之后，革命党和旧军队的两个巨头都开始考虑建国以来发生的那些事儿。
