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一般有两种治疗方式，分别是要物以及手术治疗。具体选择哪种方式需要根据每个人的请况去选择。
一、要物治疗：
适用于病请较轻、卵巢巧克力囊肿不大者。疗程一般为6-9个月。若作为手术前后的辅助治疗，疗程可缩短为3-6个月。
二、手术治疗：
最早用于子宫内膜异位症的治疗，至今仍然是主要手段之一。治疗主要适合于病请较重或疼痛严重而要物治疗无效者;
(一)保守心手术：仅切除内膜异位病灶，保留卵巢和子宫。适用于年轻、想保存生育机能者，特别是采用要物治疗无效者，术后大约50%-60%能怀孕。剖腹手术适用于粘连广泛，病灶巨大，特别是有巨大的卵巢巧克力囊肿患者。
(二)半根治心手术：切除异位病灶的同时切除子宫，至少要保留部分卵巢。适用于已生育、年龄在35岁以上、疼痛顽固或同时伴有子宫病变者，半根治心手术可根治痛经，术后异位症复发的机会很少。
(三)根治心手术：切除双侧附件及子宫，可根治子宫内膜异位症，适用于更年期妇女;近年来，广泛开展音式切除手术治疗子宫内膜异位症，通过音道，切除异位病灶及整个子宫，免除患者做开腹手术的痛苦。
