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巧克力囊肿能不能怀孕，还是要根据患者的病请，具体分析。如果囊肿体积比较小，且不伴有不适症状，通常是可以怀孕的。但是如果巧克力囊肿体积比较大，且伴有不适症状，建议进行手术治疗。因为巧克力囊肿体积过大会影响卵巢排卵，受孕比较困难。
如果巧克力囊肿半年以上仍不能正常的受孕，要及时就医，根据彩超、CT以及妇科检查结果，排除其他原因导致的不孕进行手术治疗，把囊肿去除。另外，术后3个月要配合要物治疗，并且治疗之后患者要尽早的怀孕，以免巧克力囊肿复发。
