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注色流感疫苗也有一些副作用，大部分是发烧、头痛、肌肉痛、关节痛，一般这些副作用大概持续几个小时，通常不超过两天，通常小孩子注色的话，疫苗反应会比成年人要更重一些。
还有一些人注色疫苗的局部部位，也就是说注色疫苗的肌肉附近可以出现红肿和疼痛的请况，一般来讲的话，过一两天也是可以自己缓解的，只有少部分会出现严重的荨麻疹、血管心水肿或者过敏反应。
