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由于该囊肿可以长期存在，多年不变，定期观察，无需治疗。
如果囊肿逐渐长大，影响生活，或反复感染，经常形成脓肿，可行巴氏腺囊肿造口术。此法简单，损伤小，尚能保留腺体功能。但造口应够大，造口之后最好放引流条，每天用双氧水或者2%碘伏冲洗一次，共3～4次，防止术后粘连闭合，再次形成囊肿。一旦脓肿形成，应当切开引流。
