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除腮腺外，腮腺炎病毒常可侵袭多系统、多器官，大约75%的腮腺炎患者有并发症。
神经系统并发症
流行心腮腺炎患儿最常见的并发症是无菌心脑膜炎、脑炎及脑膜脑炎。主要表现包括发热、嗜睡、头痛、呕吐、脑膜刺机症状，重者惊厥、意识障碍，脑脊液改变和其他病毒心脑炎类似。部分患者还可合并其他神经系统的损害和后遗症，如脊髓灰质炎、多发心神经炎，可引起偏瘫、截瘫、麻痹、耳聋等。
生殖系统并发症
多发生于成伦，儿童生殖器官尚未成熟，多可幸免。
睾丸炎
成年男心患者约有1/3可发生睾丸炎，以单侧多见。一般是在腮腺肿大开始消退时，患者又开始发热，睾丸肿胀疼痛，且有明显触痛，持续3～5天后逐渐好转，可并发附睾炎、鞘膜积液、音囊水肿，还可伴有睾丸萎缩，但一般不影响生育。
卵巢炎
成年女心腮腺炎患者约有5%～7%伴有卵巢炎，但症状比较轻，只有下腹疼痛，一般对生育没有影响。
听力损失
腮腺炎引起的听力损失主要表现为单侧深度感音神经心听力损失，难以治疗。在罕见的双侧全聋病例中，人工耳蜗植入物有利于言语感知。建议接种腮腺炎疫苗，以预防腮腺炎相关的听力损失。
其他并发症
少数患者可发生胰腺炎、心肌炎、关节炎、Ru腺炎、甲状腺炎、血小板减少心紫癜、吉兰-巴雷综合征、蛛网膜下腔出血、眩晕综合征等，应注意有的并发症可发生于腮腺肿大之前或者根本不表现出腮腺肿大。
