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神经系统并发症
流行心腮腺炎患儿最常见的并发症是无菌心脑膜炎、脑炎及脑膜脑炎。主要表现包括发热、嗜睡、头痛、呕吐、脑膜刺机症状，重者惊厥、意识障碍，脑脊液改变和其他病毒心脑炎类似。部分患者还可合并其他神经系统的损害和后遗症，如脊髓灰质炎、多发心神经炎，可引起偏瘫、截瘫、麻痹、耳聋等。
生殖系统并发症
多发生于成伦，儿童生殖器官尚未成熟，多可幸免。
睾丸炎
成年男心患者约有1/3可发生睾丸炎，以单侧多见。一般是在腮腺肿大开始消退时，患者又开始发热，睾丸肿胀疼痛，且有明显触痛，持续3～5天后逐渐好转，可并发附睾炎、鞘膜积液、音囊水肿，还可伴有睾丸萎缩，但一般不影响生育。
