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1、益生菌不能与抗生素同服。抗菌素尤其是广谱抗菌素不能识别有害菌和有益菌，所以它杀死敌人的时候往往把有益菌也杀死了。这时候或者过后补点益生菌，都会对维持肠道菌群的平衡起到很好的作用。如果必须服用抗生素，服用益生菌与抗生素间隔的时间不应短于2～3小时。
2、1岁以上的宝宝，可以喝益生菌酸乃。特别是有食衣不振、便秘、经常腹泻或消化不良的宝宝，长期选择益生菌酸乃还能调节胃肠功能。喝酸乃后，若发生腹部不舒服或腹痛、恶心、呕吐，应立即停止饮用。
3、益生菌的食物有纤维、Ru糖、淀粉、寡糖，益生菌的发酵产物等成分;所以在补充益生菌的同时，应多吃根经类蔬菜、水果及海藻等食品，就等于在肠子里布置一个它们喜欢生长的环境。多数的益生菌并不喜欢肉类和葡萄糖，如果含益生菌的食品中含有过多的糖分也会降低菌种的活心。
4、如果没有消化不良、腹胀、腹泻或存在其他破坏肠内菌群平衡的因素，不提倡婴幼儿额外摄入过多的益生菌制剂。
