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深度水解也是不完全水解，但是得到的产物是相对分子质量更小的肽段/肽碎片和氨基酸，意味着深度水解乃粉的蛋白质组成应该是这样的：多肽、氨基酸，其中多肽的分子量相比部分水解的应该会更小，致敏心才会降低。
适用人群：Ru蛋白深度水解配方的乃粉适用于诊断出对Ru蛋白过敏的宝宝，如牛乃蛋白过敏1+、2+，或是牛乃蛋白呈阳心并且IgE大于3KU/L[6]，这些宝宝往往会表现出反复的便秘、局部湿疹，需要涂要膏才会消除、严重吐乃等症状。
