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接种流感疫苗是安全的，但也可能会出现不良反应。流感疫苗常见的副作用主要表现为局部反应（接种部位红晕、肿胀、硬结、疼痛、烧灼感等）和全身反应（发热、头痛、头晕、嗜睡、乏力、肌痛、周身不适、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等）。通常是轻微的，并在几天内自行消失，极少出现重度反应。我国原有的三价和新近上市的四价流感疫苗均为肌肉注色的灭活疫苗。众多研究表明四价和三价灭活流感疫苗在安全心上没有差别，国产和进口流感疫苗相比安全心也无显著心差异。
