由于魏忠贤把持朝政，孙传庭不屑与其为伍，便请假回家，久居不出。直到魏忠贤死后七年，孙传庭才重新出山，不久便被越级提拔为顺天府丞(北京市副市长)。
此时的西北已经被起义军折腾的奄奄一息，陕西籍的官员要求朝廷赶紧把不能办事的巡抚换了，而新科巡抚就是孙传庭。孙传庭一到任就立刻整军备战，很快就剿灭了盘踞在商、雒二县的起义军势力，赢得了朝野的支持。
此时陕西地界最强势的起义军首领就是闯王高迎祥和拓养坤，连续数次剿匪在他这里都吃了瘪。然而孙传庭第二个开刀的就是高迎祥。他在黑水峪布下伏兵，生擒了高迎祥及其部众，并击杀了拓养坤。这一胜利不仅极大地鼓舞了明军的士气，更是把另一个人扶上了闯王的位子上，那个人就是李自成。
陕西的剿匪形势经过孙传庭的打理，一下子就有了柳暗花明的感觉。他不仅在自己的防区积极剿匪，更配合友军将从河南流窜而来者统统击溃。然而就在这个时候，孙传庭却坏规矩了。
大学士杨嗣昌打算募集十二万士兵，并且加收二百八十万两战争税，想要百日内彻底平灭起义军。孙传庭理解表示反对，认为这样不但劳民伤财还没太多可能成功，反而会机起更多的人民起义。杨嗣昌对这个不听话的巡抚一下子就有了老大意见了。
偏偏此时兵部要求孙传庭在陕西募兵一万，并领取二十三万饷银。孙传庭清楚这道命令有多愚蠢，更深知北京部里那些敲骨吸髓的办事员们捞回扣的本事，便不理会这道命令，自己开源节流去了。他清理了不少土豪劣绅侵占的民田金钱，自然军费也就有了谱。
杨嗣昌立刻抓住机会向皇帝打小报告，说孙传庭不听中央号令。孙传庭赶紧解释如果按兵部的法子来会有多少难处，这才让皇帝消了火。杨嗣昌没法子收拾孙传庭，但心里更恨孙传庭。从此陕西方面的粮饷以及孙本人的奖励基本就算绝了念想了。
然而这并没有影响孙传庭打胜仗。陕西境内的起义军向河南方向转移后，孙传庭立刻带兵赶往河南，和洪承畴、卢象升、曹变蛟等人一起将起义军打的惨败，闯王李自成仅仅带着十八人突出重围。
然而好景不长，半年以后，北京遭到了清军的围城，卢象升战死。孙传庭奉命接过卢象升的指挥权，负责北京周围的勤王军。存心和孙传庭过不去的杨嗣昌向皇帝建议把陕西方面的军队全部留在北京负责京师警卫。孙传庭力言不可，结果又被杨嗣昌告了一状说他拥兵自重。孙传庭愤懑不已，加上旧伤复发，竟然导致失聪。
第二年，皇帝让孙传庭去当保定总督，孙传庭表示自己聋了，不能胜任。杨嗣昌又告一状，说他装病。皇帝大怒，派人去查。尽管调查报告显示孙传庭确实真聋了，孙传庭还是吃了三年牢饭。更让人心寒的是，那些赖于孙传庭才得以保全家乡的陕西官员，没有一个为孙传庭鸣冤。
崇祯十五年，已经只剩两年阳寿的崇祯在实在无人可用的请况下被迫启用孙传庭，让他继续去收拾陕西的烂摊子。一到陕西，孙传庭就杀了养寇自重的总兵贺人龙，军心顿时大震。
孙传庭刚收拾了军心打算练兵备战，崇祯却等不得了。他命令孙传庭带着他的还没训练完毕的新兵出潼关打李自成。士兵们军粮奇缺，又遭大雨侵袭，只能啃还没成熟的柿子充饥，战斗力基本就是没有，自然被兵强马壮的李自成一战打回陕西。这一仗也被起义军笑称为“柿园之役”。
败退回陕西的孙传庭加紧坚壁清野，修固城池。而当地的士绅根本不理解孙传庭的苦心，B着孙传庭出关打仗，还威胁如果不打就要把孙传庭送回诏狱。而崇祯也对孙传庭这种龟缩关中的行为非常不满，B迫他出兵。孙传庭无奈之下，只好去打这场必败无疑的仗。
孙传庭一出关，就又被李自成打的惨败，只好率部南逃南阳。在南阳背水一战的明军本已经快要看见胜利的曙光，结果被一个混蛋军官大喊一声“咱们败了”乱了阵脚。大军全军覆没，孙传庭也死于乱军阵中，尸首都没有找到。
孙传庭死讯传到西安，其夫人带着全家女眷投井自杀，小儿子孙世宁被一位老人收养。其长子孙世瑞入关后找到自己的弟弟，两个孤儿在一个大雨天互相搀扶着走在街上。道路两旁知道这是孙督师的儿子，无不流下眼泪。
孙传庭可以说明明代最后一个能打的将领了，同时他也是最后一个有可能扭转当时局面的人了，但是孙传庭一死，明朝之中就再也没有人可以对付李自成了，而崇祯皇帝认为孙传庭的死是谣传，不但不抚恤还要治他的罪，因此，明朝气数已尽不是没有道理的。
