清史研究
萧一山读中学时，日本史学家稻叶君山所著之《清朝全史》在中国翻译出版。颇多感慨，认为中国史反出自外人之手，而国人不自研究，引为奇辱。他后来回忆说：“民国三、四年间，上海有译日本稻叶君山氏之《清朝全史》者，颇风行一时。余方读中学，以国人不自著书，而假手外人，真吾国学术界之耻也!稍长，乃埋头致力，发奋著《清代通史》。”他的同班同学张克昌教授生前回忆说：“萧一山在山西大学读书时，已经把他的经力集中到清史的研究上，每日伏案疾书，勤苦不辍，此时他已写出了《清代通史》的部分初稿。繁重的研究工作，使他心力交疲，神形憔悴，常常胃口不开，吃不下饭去，只好在粗茶淡饭中多放一些辣椒以佐食。”
1922年，在著名明清史专家朱希祖与孟森的倡导下，北大建立了内阁大库档案整理会，组织力量对清代文献进行清理。这对久有志于清史研究的萧一山来说，真是如鱼得水。他在那里夜以继日地工作着，接触了大量原始资料，诸如誊黄、敕谕、诰命、实录、会试、考卷、题本、库表等等;其内容涉及到有清一代的地丁、漕米、旗营、军饷、垦牧、河政、盐行、课税等经济、政治、军事方面的资料。这些珍藏多年的史料，大大开扩了萧一山的视野，为《清代通史》的写作提供了丰富的原始素材。他曾十分感慨地说：“清代内阁档案自拨归国立北平大学整理后，余亦躬与斯役，披阅所及，取证滋多。此虽案牍之言，实难尽信，然较之官书，胜万万矣。”通过勤苦钻研，潜心攻读，广搜史料， 在两年时间里，完成了《清代通史》上卷，1923年上卷出版时，他还是一位北京大学三年级的学生。不满22岁的青年人，凭一己之力完成中国第一部体系完整的新式清代通史，史学界颇为之震动，受到许多史学前辈及孙中山先生的赞赏。
李大钊先生为《清代通史》初版写了序言。梁启超、蒋百里 、蒋梦麟、日本史学家今西龙博士等先生亦为之作序。李大钊在序言中称：“萧子一山，以绩学之余，著《清代通史》一书。书成，执以示愚。愚受而读之，知其书之新质为有清一代之中国国民史。置之史学系统中，当为普通史中之记叙的国民史。取材既极宏富，而于文明及政治诸象，统摄贯通以为叙述，且合于社会诸象悉相结附不能分离之史理。余故乐为之叙，冀著者之益经厥业，以此为重作各史之先声也。”他对早期清史和清代重大历史事件的研究和考证，为清史研究的深入作了大量的奠基新工作，被人称为“清史研究第一人”。萧一山突破了以往通史编著由政府组织专人来完成的惯例，集一人之力，完成巨著，实为近代新史学的一大成就，《清代通史》既是萧一山的成名之作，也奠定了其在近代史学上的地位。洋洋四百余万言的《清代通史》足以让萧一山名垂后世。《清代通史》至今仍成为清史入门必读，学者常借助检阅之书，历久而不衰。
太平天国史
太平天国史料在国内已经大量散失，要恢复历史的真相，研究太平天国运动的兴衰成败，只有借助于海外保存的文档与卷宗，才能够反映轰轰烈烈的太平天国运动的真实面貌。对此萧氏本人曾举出典型的证据说：“昔曾国藩私改李秀成供状，而又焚毁太平天国公文案卷，一代史料灭于彼一人之手，即彼幕僚所撰《贼请汇纂》一书，亦不使之宣扬于世，直至今日始能印行流传。”在太平天国史料的搜集与整理过程中，他充分意识到前往欧洲去搜寻这些史料十分必要。“因不仅在近百年史上为一重要事变已，也惜乎清室禁忌太严，遗文多被毁灭，至今不过七十余年，诏书诰谕竟无存者。犹幸有一时同教异域之士为之摘拾零编，保存彼都，赖以弗坠。”
1932年南京政府以公费资助萧一山赴欧美各国考察，在英法等国图书馆和收藏中心发现了许多珍贵的太平天国史料，大多是当时国内罕见的孤本，于是广为抄录或影印，回国后再加以整理和编撰，于1935年出版了(太平天国丛书》首集、《近代秘密社会史料》、《太平天国诏谕》、《太平天国书翰》、《英国政府有关中国文书总目》(英文本)等书。这些珍贵史料的整理出版，为后来的太平天国史研究奠定了重要基础，也确定了他在太平天国史研究领域中极其重要的地位。时任北大史学系主任的朱希祖在《太平天国丛书》序言中，尤其称赞萧一山搜集整理太平天国史料之功劳卓著。这些海外新史料的出版为当时国内史学界太平天国史的研究注人了新鲜血液，不仅如此，萧一山还强调外国资料对于研究中国历史的重要新，提醒人们留意英国政府的文书、英美外交档案、日俄法的档案及外国人的著作。
