巴纳德管理学的方法论，是以职工和组织的区别和联系为基础的。他认为，每一个职工都是一个单独的个人，都以各种不同的方式来学习和了解周围的事物，但他们并不真正了解自己，他们的行动往往受到自己没有意识到的个人的需要和请感的影响。很多时候，他们的行为往往是主观的、非逻辑的，和组织对他们的要求有区别的。
巴纳德用组织的“效力”和个人的“效率”将组织中个人目标与组织目标联系起来，解决了这两者的不一致。
他认为，个人参加组织进行协作，是为了实现那些他们单独做时实现不了的目标。如果协作是成功的，达到了组织的目标，这个协作系统就是有效力的。但效率则不同，它是指组织成员个人目标的满足程度。由于协作是每个人为了满足个人的目标而产生的，如果他们的个人动机得不到满足，他们就会停止贡献力量或退出该组织，因为从他们的观点看来，这样的组织是无效率的。在很多方面，巴纳德对组织中管理职能的观点远远超越了他所处的时代。
巴纳德关于组织、正式组织、非正式组织以及经理人员职能等观点仍然被广泛地采纳和应用。虽然巴纳德的著作比较深奥、抽象和晦涩，但是他对管理学发展的贡献处处闪耀着无法掩盖的光芒。很难想像，没有巴纳德的理论，管理文化的发展会是什么样子。
组织是一个协作的系统
巴纳德独创新地提出了组织的概念，认为组织是一个有意识地对人的活动或力量进行协调的体系，其中最关键的因素是经理人员。在此基础上，巴纳德又阐述了正式组织的定义、正式组织的基本要素以及正式组织与非正式组织的关系。
巴纳德认为正式组织是有意识地协调两个以上的人的活动的一个体系。他认为这个定义适用于各种形式的组织，从公司的各个部门或子系统直到由许多系统组成的整个社会。不管哪一级的系统，全都包含着三种普遍的要素：协作的意愿、共同的目标和信息沟通。
协作的意愿任何一个组织都是由许多具有社会心理需求的个人组成的，如果组织中的个人都不愿意相互协作，那么组织的目标就无法完成。
好的组织是一个协作系统。组织成员有协作的意愿意味着个人要克制自己，交出自己的控制权、个人行为和非个人化等。没有这种意愿，就不可能将不同组织成员的行为有机地结合起来，协调一致地活动。例如，作为工厂的一名工人，就必须按时上班，严格按照工厂机器草作运转的规律进行，遵守工厂的各项制度，使个人行为变得非个人化。大多数时候，不同成员的协作意愿是不同的，同一个人不同时候的协作意愿的强度也是不同的，个人并不能自发地产生协作意愿。
那么，为什么很多组织还能正常运转呢?
那是因为个人认为通过自己的努力和牺牲，能使组织的目标得到实现，从而会有利于个人目标的实现。如果个人认为自己所做的努力和牺牲不会有利于个人目标的实现，他就可能不愿意做出努力和牺牲。
因此，巴纳德提出了一个著名的关系式：
有因≥贡献
所谓有因是指组织给成员个人的报酬，这种报酬可以是物质的，也可以是经神的。所谓贡献是指个人为组织目标的实现而做出的贡献和牺牲。由于有因和牺牲的尺度通常是由个人主观决定的，不是由客观决定的。因此，组织满足这些有因也是有点困难的。有的人看重金钱，有的人则看中地位，有的人侧重于自我目标的实现，对于不同的人，组织要给于不同的机励。
共同的目标可以说协作的意愿如果没有共同的目标是发展不起来的。如果组织成员不了解组织要求他们做什么，做成功以后他们会得到什么样的回报，就不可能有导出协作的意愿来。
对组织成员个人来说，组织的目标不一定是一种“个人”目的，但必须使他们看到这种共同目标对整个组织所具有的意义。组织动机和个人动机是不同的，而个人之所以为组织做出贡献，并不是因为组织动机就是他们的个人动机，而是因为他们感到，通过组织目标的实现，有助于实现他们的个人目标，并获得相应的满足。
巴纳德认为只有当组织给个人的报酬大于或等于个人为组织做出的贡献时，个人才可能愿意为组织目标的实现做出个人的努力和贡献。
在管理中把组织目标与个人目标结合起来的思想，被认为是管理思想发展史上具有里程碑意义的思想。巴纳德强调个人目标与组织共同目标之间相互协调的问题，并指出管理人员必须能够协调个人目标与组织目标之间的矛盾。
巴纳德强调指出，组织目标是整个组织存在的灵魂，也是组织奋斗的方向。但是组织的共同目标不是一成不变的，它应当随着组织规模的变化、人员的变化、外界环境的变化和发展而随时调整。组织目标制定的好坏对组织目标能否实现的作用也非常大。
巴纳德认为在制定组织目标时，应具备综合新、总体新、清晰新、可分新和层次新等特点。确定组织目标时应遵循灵活新与一致新结合的原则，要有一定的可能新，同时也要有一定的挑战新。
信息沟通作为第三要素，它使前两个要素得以动态地结合。个人协作意愿和组织共同目标只有通过信息沟通才能联系和统一起来，内部信息交流是实现组织目标的基础。
巴纳德规定了信息沟通的一些“原则”：
信息交流的渠道要为组织成员明确了解。组织的每一个成员都有一个明确的、正式的信息交流渠道，即每一个成员必须向某个人作报告或从属于某人。信息交流的渠道必须尽可能地直接和简捷。
信息交流和信息传递有正式和非正式、书面与口头等不同的方式。很多请况下，信息往往要经过若干环节才能到达最终需要者手中，在这个传递的过程中，不管是有意还是无意，都可能会产生信息的失真和误导。管理者必须采用各种手段纠正信息失真，譬如让信息表达的清楚明了、缩短信息传递路线、采用先进的科学技术等等。巴纳德也非常重视非正式组织的作用。非正式组织即为不属于正式组织的一部分，并且不与管辖它的有关的人员相互作用。非正式组织没有正式的结构，成员之间的联系非常松散，常常不能自觉地意识到共同的目的，而是通过同工作有关的接触或者是共同的兴趣爱好产生的，并因而确立了一定的习惯和规范。非正式组织常常为正式组织创造条件，反之亦然。企业的管理者如果也能是非正式组织的领导者，那么这个管理是非常成功的。
巴纳德发现，非正式组织起着三种作用：
1)信息交流。
2)通过对协作意愿的调节，维持正式组织内部的团结。
3)维护个人品德和自尊。
这些职能是普遍存在的，能使正式组织更有效率，并提高正式组织的效力，使非正式组织成为正式组织的不可缺少的部分。
