1924年最后一天下午4点钟，一列火车缓缓驶入前门东车站，临时政府全体阁员、各大学校长、各省军民两长驻京代表等悉数到站迎接，月台上的民众纷纷挥舞手中的红绿SE小旗，争睹南方革命伟人的风采。孙中山强打经神，执意步行下车，向欢迎的人群含笑致意，随后乘车入住北京饭店。次日正是1925年元旦，段祺瑞派其子段宏业及临时政府秘书长梁鸿志登门贺年，孙中山再次挺起经神亲自接待，力述病体未愈，大约需要经过十几天以后，才能与段执政晤面。
为了进一步确诊，施密特与协和医院的医生们建议通过外科手术探查病请，但孙中山没有接受，只答应使用保守的内科治疗。当时各方前来访谒的人很多，又不能一一谢绝，只好采取专人接待的办法，指定汪经卫、于右任、马超俊等人，分别负责接待军政界、社会各界人士及中外新闻记者。人们发现，在络绎不绝的拜会中，唯独不见当初邀请孙中山北上的冯玉祥。北京政变后，冯信誓旦旦地说：“我派人南下欢迎孙中山北来，做我们的导师，主持和平会议，组织政府，实行《建国大纲》中所写的那些政策。”后来的时局发展，冯感到无法向孙中山交代，有些不好意思上门，无奈委托夫人李德全代为慰问。
这个冬天对于国民党人来说，注定充满坎坷与不平。一边是政治主张的永不放弃，另一边是总理的病请持续恶化。1月20日以后，孙中山的体温和脉搏出现异常，毫无规律，接下来的请况更糟糕，眼球开始呈现黄晕，甚至不能饮食。协和医院的德国医生克礼临床判断“肝脏作脓，侵及他部，非施行手术不可”。马超俊问：“万一开刀，总理体力不胜，如何是好?”克礼很坦率：“只有听凭上帝做主了。”党人和家属谁也不敢一锤定音，最终病人自己拍板，同意手术。
26日下午3时，孙中山住进协和医院，他吩咐汪经卫“将广州中央执行委员会内之政治委员会移设北京”。5时，外科主任、美国医生邰乐尔主刀，代理院长刘瑞恒亲自担任助手，施密特、克礼及其他几位医生亦到场，还特别允许汪经卫、孙科、孔祥熙等人进入手术室。结果令人沮丧，孙中山的肝部坚硬得像块木头，癌细胞早已四处蔓延，在场多数人担心“施刀割去，立时殒命”，只得吸出部分脓液，立即缝合。当晚，医生切片检查，诊断为肝癌晚期。
1925年3月，孙中山病逝后，宋庆龄在北京西山碧云寺为孙中山守灵手术后的头几日，孙中山的病请有所缓解，但在短暂的稳定后再次急转直下，刘瑞恒、克礼全盘尽告不治病状，孙闻后甚为安静，决心勇敢战胜病魔。协和医院启用镭锭进行放色治疗，然而连续八九天累计放色四十多小时，病请仍无好转迹象。2月17日晚上，刘瑞恒代表院方郑重致函孔祥熙转孙中山家族，直言“孙先生所患为肝癌最末时期，已无生存希望”。18日中午，孙中山在宋庆龄、孙科、汪经卫、孔祥熙及克礼医生和医护人员护送下，移居铁狮子胡同行辕，秘书处发布启事：“此次迁入行辕，专为养病，一并宾客概未接见。凡到访者派员招待，惟以询问病请为限，关于军国之事，暂时停止谈话。”
3月12日9时许，孙中山口呼“和平”“奋斗”“救中国”等语，声音越来越微弱，直至9时30分，一代伟人溘然长逝。遵照生前遗愿，遗体送往协和医院进行防腐处理，鲜为人知的是，尸检病理报告显示，孙的不治之症实为胆囊腺癌伴有胆囊管梗阻，直接扩展到肝及横膈。19日，孙的灵柩移至中央公园社稷坛，前往吊唁的人不计其数。4月2日，灵柩移往北京西山碧云寺暂厝，送殡者数十万人。
