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巧克力囊肿治愈后仍然有很高的复发率，但是也不是都会复发，还是有不复发的人。主要是手术的时候将异位的子宫内膜已经全部切除，所以就不会复发。建议巧克力囊肿手术之后，最好用达菲林治疗3-6个月的时间，主要是预防复发。
在术后一定要定期做B超检查，了解卵巢局部是否有囊肿的出现，并且根据是否有痛经的请况，然后再了解是否其他位置又出现子宫内膜异位症的请况，建议每半年做一次B超检查，出现异常请况随时做检查。
