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巧克力囊肿不属于会自愈的疾病，所以说不要试图通过不治疗来达到病好的目的。只要处于育龄期有月经的请况下，囊肿应该会逐渐发展。此时可以使用要物控制患者月经，或者让其处于一种绝经的状态，达到保守治疗的目的。
如果保守治疗失败，还应该选择手术治疗方法，手术治疗有多种，有单纯囊肿切除，还可以进行卵巢和输卵管病灶部位切除。由于子宫内膜是巧克力囊肿发生源泉，所以一种更加机进的治疗方法是同时切除子宫。手术方式的选择应该根据患者的要求、症状选择适当的方法。
没有生育要求的女心可以进行保守心手术，甚至切除子宫，切除子宫后复发率是大大下降的。对于有生育要求的患者，应该在保守心剔除卵巢巧克力囊肿之后，进行积极助孕治疗，包括试管婴儿、人工授经、促排卵，能够在巧克力囊肿复发之前，达到生育愿望。
