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巧克力囊肿也叫子宫内膜异位症，如果不治疗，囊肿有可能会越来越大，巧克力囊肿破裂，会引起广泛的盆腔粘连，引起慢心的腹痛。
另外，巧克力囊肿是出现痛经的主要原因，如果是巧克力囊肿增大的比较明显，或者是痛经比较严重，还是建议做手术治疗，因为有的时候巧克力囊肿时间长，可能会出现恶变。如果是出现排肠粘连，会造成不孕症，对以后的月经，以及能不能怀孕，都会造成严重的影响。
