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竞争期1-4周，在开始服用益生菌的1-4周内，益生菌会和肠道内已经存在的有害菌及中心菌展开竞争，包括竞争营养、竞争生存空间、竞争能在肠道壁上附着的位置。两军交战，必有伤亡，这个时间段有益菌和有害菌双方伤亡都较大。
优势期4-8周，由于坚持服用益生菌，这相当于在战争中不断补充援军，益生菌会逐渐占领上风，这时肠道内的有害菌数量已经低于益生菌，有害菌释放毒素和其它代谢产物的量也大大减低。
巩固期8-12周，继续服用益生菌，外来的益生菌也会帮助体内原有的有益菌生长起来，和体内原有的有益菌进行协同作用，维护肠道健康。肠道内益生菌的比例越来越高，有害菌的比例越来越低。但这时决不能掉以轻心，因为有害菌的生存力也是非常顽强的，如果此时撤兵，有害菌很有可能死灰复燃。
稳定期12周以上，当益生菌和有益菌在体内占有足够优势后，各种益生菌带来的正面效果才会逐渐体现出来。为了巩固这一效果，防止体内的有害菌卷土重来，不能马上停止摄入益生菌，可以适当减量，维持效果，坚持半年。
