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1、促进体内细菌平衡
孕妇怀孕时，羊水并不是无菌环境的，这也是胎儿第一次接触细菌，在一个理想的环境中，妈妈们可以把很大的肠道菌群传递给婴儿。但科学家认为：在过去的一个世纪中，我们受到了抗生素，转基因生物，含糖/淀粉的饮食以及许多加工食品的影响，所有这些都会使传递给婴儿的肠道菌群退化。
2、消化问题
如果肠道细菌没有的平衡，婴儿可能会出现绞痛，胃酸倒流，便秘，腹泻或者出现更严重的消化系统疾病。著名医学杂志《柳叶刀》发表过一项研究发现，成伦粪便移植（将一些"健康的"便便放入不健康的人的结肠中）治愈了91.93％的艰难梭菌患者。这说明良好的肠道菌群可以治疗和预防消化问题。这个理论同样适用于婴儿：益生菌有利于宝宝的肠胃消化。
3、免疫系统问题
不正常的肠道菌群会导致免疫系统功能异常。如果肠道细菌不是最理想状态（细菌的数量、质量、各种细菌的比例平衡状态），婴儿的免疫系统就不会最理想。这意味着婴儿将更容易患感冒，流感和其他疾病。我们可以通过对婴儿使用益生菌来避免其中一些问题。
4、有利于宝宝心请愉悦
一所新西兰皇家科学研究机构的一项研究发现，新生儿服用益生菌后，哭闹时间变短，更容易对周围人微笑。
其实道理不难理解，我们知道已经有大量数据支持肠脑连接这种说法。人体中具有血清素（一种感觉良好的机素）和多巴胺（一种有助于调节大脑愉悦中心的神经递质）。某些益生菌物种可以减少焦虑和抑郁，增加多巴胺和5-羟SE胺的产生，并且在减轻应机心焦虑、抑郁和认知功能障碍。
5、调节婴儿体重
婴幼儿益生菌会影响宝宝的体重。这可能听起来很奇怪，但是一项研究发现，患有TLR5缺乏症（一种使肠道菌群保持平衡的蛋白质）的小鼠体重增加过多。随后，研究人员将一些粪便从超重小鼠移植到了瘦小鼠中，瘦小鼠开始进食更多，体重增加，最终出现了和患有TLR5缺乏症小鼠相同的代谢问题。总而言之，这些小鼠的体重和代谢问题是坏肠细菌过多以及缺乏益生菌的直接结果。
6、降低新生儿皮肤问题
有专家在《英国医学杂志》发表的文章表明，婴儿的皮肤问题（如婴儿湿疹婴儿痤疮）是由肠道菌群失衡引起的：在孕妇和哺Ru期补充鼠李糖Ru杆菌、副干酪Ru杆菌和长双歧杆菌可以显着降低婴儿患湿疹的风险。
还有另一项研究发现，新生儿肠道益生菌群欠佳也可能导致皮肤作为保护器官的能力降低，更容易受到炎症和感染的影响。
