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益生菌可以直接作用于肠道，促进蛋白质水解，碳水化合物分解，合成伦体所需的B族维生素等，有助于食物消化。但是，益生菌有比较明显的针对心，不同的菌种产生的作用是不同的。
而益生元并不能直接对人体起作用，它只能通过喂养益生菌间接促进肠道健康。但是，益生元的作用更加多元，除了能为益生菌提供养料，还能抑制有害菌，降低肠道PH值，促进肠道产生免疫蛋白，提高肠道的免疫力。
