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土司制度是最值得研究的政治制度之一，它始于蒙古执政的元朝，在明朝时期开始完善，最终在清朝时期被废止，它是一项由少数民族开始实施，适应于主体民族之外的少数民族地区的一种制度，它因地制宜地解决了地域多样新发展，从元朝时期的“土流兼制”，明朝时期的“卫司分立”，到清朝时期的“卫司合一”，土司制度在时代中的流变，最终经过清朝“改土归流”的革新，形成了以“政治制度”与“政治符号”相结合的土司制度。
清朝提出因俗而治
清朝入主中原定都北京后，就制定了对边疆各族进行招抚的政策，并不时的警戒各领军统帅加以抚恤，以示朝廷怀柔之意。
顺治五年规定： 各处土司，原应世守地方，不得轻听叛逆招有，自外王化。凡未经归顺，今来投诚者，开具原管地方部落，准予照旧袭封。有擒执叛逆来献者，仍厚加升赏。已归顺土司官，曾立功绩，及未经授职者，该督抚按官通察具奏，论功升授。--《清圣祖实录》卷四十一
在清朝连续不断的招降下，各地的土司纷纷归附，其中贵州贵阳府、安顺府、都匀府、镇远府、思南府、思州府、黎平府等大大小小数十个长官司都在顺治十五年进行了归顺，并被准许世袭。
同年12月，清军进入云南后，顺治帝再次晓谕云南各将：““云南远徼重地，久遭寇乱，民罹水火，朕心不忍。故特遣大军，用行吊伐。今新经平定，必文武各官同心料理，始能休养残黎，辑宁疆圉。
云南府、大理府、临安府、楚雄府、姚安、澂江、广南、顺宁、缅宁、曲靖等府也都在顺治十六年前后进行了归附。
为了争取西南区各土司的支持，清朝开始实施因俗而治的理念，开始推行民族区域自治，在中原地区推行的民族同化政策在少数民族地区开始了变通。清初顺治二年，全国实行剃发制度，若不按规定进行剃发者都以军法从事，然而此命令，在西南少数地区却并没有完全执行。
顺治十五年，王弘祚在《滇南十义疏》中，提出“除汉人士庶衣帽、剃发遵照本朝制度外，其土司各从其俗，俟地方大定，然后晓以大义，徐令恪遵新制，庶土司畏威怀德，自凛然恭奉同轮同轨之式矣。”
清朝的“改土归流”革新
清朝土司制度的重要特点就是“卫司合一”，不论从明朝的《土官底簿》还是《明史.土司传》，西北地区都没有被列入土司，说明明朝并不认为西北地区属于土司地区，西南土司与西北羁縻卫所是有区别的，因而明朝在卫所与土司上有分立的，但进入清朝后，西北地区也有了土司的称呼。明朝羁縻卫所的官职是靠战功晋级，而到了清朝，卫所战功升职制度改为土司世袭制度，卫司合一使得清朝的土司急剧增加。
清雍正时期，开始了大规模的“改土归流”，但在“改土归流”地实施中，因地域的多变与复杂新，并没有进行到底。
1.顺治、康熙朝的小规模改土归流
在清朝统一全国的进程中，出于地方政权稳定之需，小规模的改土归流实际已陆续进行，尤其以贵州省为甚。
在清军进入贵州之时，贵州黎平府辖下的赤溪湳洞司杨鸣鸾、分管三郎司杨世勋等都得以承袭。康熙43年，石阡府苗民长官司改土归流，康熙45年，都匀府凯里司杨氏土司以土酋大恶案改土归流，入清平县。
顺治15年，贵州马乃土司龙吉兆，私造兵器，收养亡命之徒，联合鼠场营龙吉佐、楼下营龙吉祥，攻打广西泗城州土寨，安南卫之阿计、屯水桥、麻衣冲、下三阿、白屯等寨等处，云贵总督赵廷臣多次招命都不听从。同一时期，水西土司安坤因领洪承畴军队进入贵州而没有得到表功而心生怨恨，联合土司罗大顺，攻打云南;土司安重圣是水西土司安坤的外甥，水西土司反叛时，安重圣即联合自己的妻兄郎岱土司陇安藩暗中相助，使得清朝坚定了武力平叛改土归流的决心。此叛乱到康熙四年才最终平定。
清朝初年云南在吴三桂治理下，经营多年，土司相对贵州而言比较安分，较重大的改土归流在清初并不多见，但较小的改土归流仍有多起。
湖广地区位于中原与西南地区之间，是进入西南地区的通道起点，因此清朝仅在康熙年间进行过一次小规模的改土归流。五寨、筸子坪两个长官司是清朝管控苗疆地区的前沿据点，康熙39年为了加强对苗疆兵力的控制，将镇筸参将升为总兵，沅州镇移驻镇筸。镇筸参将原来一直驻扎在五寨长官司司治之处，设立镇筸镇后，就与拥有自治权的五寨长官司同城，形成了一个地方有两个军事指挥中心的局面，显然不利于统一调度，因此康熙46年，巡抚赵申乔奏请裁革，废掉两长官司，不准袭替，增加通判，吏目各一员;康熙48年，改为凤凰厅。
2.雍正时期大规模“改土归流”
从清朝初年“改土归流”的规模请况来看，清朝并没有对各大土司有明显地改流迹象。但康熙20年平定“三藩之乱”、康熙21年统一台湾，消灭葛尔丹势力，控制天山南北，稳定了北方政权后，清王朝必然要对土司们进行清算，此时清朝的统治已经稳固了，必然不能容忍王土之外，还有一块拥有士兵的自治地区。此时，“土司制度”已经成了构建“大一统”国家的主要障碍。
雍正四年春，云南总督鄂尔泰提出：“云贵大患，无如苗蛮。衣安民必先制夷，衣制夷必改土归流，无事近患腹心，有事远通外国，自元迨明，代为边害”。
鄂尔泰提出云南、贵州的治边策略：其改流之法，计擒为上，兵剿次之。令其自首为上，勒献次之。惟制夷必先练兵，练兵必先选将。诚能赏罚严明，将士用命，先治内，后攘外，必能所向奏效，实云贵边防百世之利。--鄂尔泰《云南、贵州的治边策略奏疏》
雍正四年，改土归流从滇川黔开始，先将东川平定后，再进乌蒙、镇雄，当时乌蒙土府禄万钟、镇雄土府陇庆侯的兵权分别在禄鼎坤、陇联星手中，禄鼎坤归降后，惟禄万锺制于汉间，约镇雄兵三千攻鼎坤于鲁甸，被鄂尔泰所败。后将乌蒙改为府、镇雄改为州，都归云南管辖。
之后，四川雷波土司、阿卢土司、沙马等先后改土归流。在西南地区改土归流中，贵州的抵抗最为严重，也最为惨烈。
根据《圣武记》记载：“尽歼首从，勒缴弓弩四千三百余，毒矢三万余，皮盔皮甲刀标各数百”，“乘威招服黔边东西南三面广顺、定番、镇宁生苗六百八十寨，镇宁、永宁、永丰、安顺生苗千三百九十八寨”
湖广行省的土司是当时所有土司中势力最强的一支，兵多地广且能征善战，明朝时期就以抗倭、平叛、援辽而声名显赫，且传承数十代，历史悠久势力强大。
雍正五年七月初九日，署理湖广总督傅敏上疏曰：“湖南桑植、保靖二土司肆虐一方，汉土苗民均受荼毒，土人不时拥入内地，迫切呼号，皆愿改土归流
七月初九日，傅敏再上“改土归流奏疏“：臣等伏查彝陵乃诸土司前路，九溪乃诸土司后路，臣等着量密饬彝陵镇总兵官整饬营兵伍预备。但事关重大，乃仰请皇上密谕杜森敬谨办理，就近镇压。至其后路，议调衡州副将周一德暂署九溪协事，整顿兵马，以备不虞，并澧州、永定两营听其节制，严饬防范，则诸土司皆不敢动，而容美无所施其技矣。--傅敏《改土归流奏疏》
雍正5年12月，雍正颁布上谕：
向来云、贵、川、广，以及楚省各土司，僻在边隅，肆为不法，扰害地方，剽掠行旅，且彼此互相仇杀，争夺不休，而于所辖苗蛮，尤复任意残害，草菅人命，罪恶多端，不可悉数。是以朕命各省督抚等，悉心筹划，可否令其改土归流，共遵王化......今幸承平日久，国家声教远敷，而任事大臣，又能宣布朕意，剿抚兼施......一视同仁，所当加意抚绥安辑，使人人得所，共登衽席，而后可副朕怀也。但地方辽阔，文官武弁，需员甚多，其间未必尽属贤良之辈。且恐官弁等之意，以为土民昔在水火，今既内附，已TUO从前之暴虐，即略有需索，亦属无伤，此等意见，则万万不可。着该督抚提镇等，严切晓谕，不妨至再至三，且须时时留心访察，稍觉其人不宜苗疆之任，即时调换，并严禁兵丁胥役之生事滋扰，务俾政事清明，地方宁谧，安居乐业，共享升平。倘有不遵朕旨，丝毫苛索于土民地方者，着该土司立即参劾，重治其罪，即系平日保举之人，亦不可为之容隐。
这段上谕用词严厉，明确表达了如有不听从，就会使用武力解决的意思。在强大的兵力威慑下，湖广各土司无奈地交出权力，对于不识实务的保靖宣慰司彭御彬流放于辽阳，而暴力抵抗地桑植宣慰司向国栋流放于河南，整个湖广地区所有拒不服从归流的都受到了流放处罚，自此，湖广行省的土司无一留存。
土司制度是为治理主体民族之外的少数民族而设计的一种制度，但它并不是少数民族的传统政治制度，而是中央制度下，一种纳入国家统一官职序列“因俗而治”的管理制度。
清朝声势浩大的“改土归流”并非为彻底废除土司制度，而是只对构成清王朝疆域统治有一定威胁的土司进行取缔。
