施展变法
垦草令变法之争结束后，秦孝公于公元前359年命商鞅在秦国徙木立信国内颁布《垦草令》，作为全面变法的序幕。其主要内容有：刺机农业生产、抑制商业发展(现代解释错误，应该解释为鼓励商)、重塑社会价值观，提高农业的社会认知度、削弱贵族、官吏的特权，让国内贵族加入到农业生产中、实行统一的税租制度 等改革方略。
第一次变法
《垦草令》在秦国成功实施后，秦孝公于公元前356年任命商鞅为左庶长，在秦国国内实行第一次变法 。其主要内容有：改革户籍制度实行什伍连坐法、明令军法奖励军功、废除世卿世禄制度 、建立二十等爵制 、严惩私斗、奖励耕织重农抑商、改法为律制定秦律、推行小家庭制 等改革方略。
第二次变法
商鞅咸阳(今陕西省咸阳市东北)位于关中平原中部，北依高原，南临渭河，顺渭河而下可直入黄河，终南山与渭河之间可直通函谷关。
为便于向函谷关以东发展，秦孝公于公元前350年命商鞅征调士卒，按照鲁国、卫国的国都规模修筑冀阙宫廷，营造新都，并于次年将国都从栎阳(今陕西省渭南市富平县东南)迁至咸阳，同时命商鞅在秦国国内进行第二次变法 。
其主要内容有：开阡陌封疆 ，废井田，制辕田，允许土地私有及买卖 、推行县制、初为赋 、统一度量衡、燔诗书而明法令，塞私门之请，禁游宦之民 、执行分户令禁止百姓父子兄弟同居一室 [ 等改革方略。
兵败被杀
公元前338年，秦孝公去世，太子驷即位，即秦惠王。 公子虔等人告发商鞅“衣反”，秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃亡至边关，衣宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带凭证，告以商君之法，留宿无凭证的客人是要治罪的。商鞅想到魏国去，但魏国因他曾生擒公子卬，拒绝他入境。
商鞅回秦后被迫潜回封邑商，发动邑兵攻打郑县(今陕西省华县)。秦惠文君派兵攻打，结果商鞅失败战亡。 其尸身被带回咸阳，处以车裂后示众。秦惠文君同时下令诛灭商鞅全家。商鞅虽然被害，但新法并未被废除。
商鞅年轻时喜欢刑名法术之学，受李悝、吴起的影响很大。他向尸佼学习杂家学说，后侍奉魏国国相公叔痤任中庶子。
公叔痤病重时向魏惠王推荐商鞅，说：“商鞅年轻有才，可以担任国相治理国家” ，又对魏惠王说：“主公如果不用商鞅，一定要杀掉他，不要让他投奔别国。 ”魏惠王认为公叔痤已经病入膏肓，语无轮次，于是皆不采纳。
?公叔痤转而让商鞅赶紧离开魏国，商鞅明白魏惠王不采纳公叔痤用他之言，也不会采纳杀他之言，所以并没有立即离开魏国。
