2008年，中央电视台清史纪录片摄制组、清西陵文物管理处、中国原子能科学院反应堆工程研讨设计所、北京市公安局法医查验鉴定中心，四个单位通力合作，终于解开了光绪38岁暴毙之谜。
专家们通过对光绪头发、遗骨、衣服的化验，最终得出了光绪死因：死于砒霜中毒，因为光绪头发砷含量是如今正常健康人的2000多倍。死因是出来了，一个新问题再次被提起，谁是杀害光绪的幕后凶手?
长久以来，慈禧太后被认为是最大嫌疑人。但在溥仪撰写的《我的前半生》中，他认为光绪是死于袁世凯之手。溥仪从太监李长安那里获得这样一个说法，“光绪在死亡的前一天还是好好的，只是因为用了一剂要就坏了，后来才知道这剂要死袁世凯送来的。”
持这种说法的人，拿出的所谓“证据”就流传袁世凯曾出卖光绪，破坏了戊戌变法。当慈禧太后病重时，袁世凯担心被光绪秋后算账，决定先下手为强，毒杀光绪。这种说法看似“合理”，实则是漏洞百出。
清朝皇宫有定制，给皇帝进贡的要，谁送的必须亲自试要，这叫“猪替羊死”，这是一个流程问题。袁世凯要趁着进要来毒杀光绪，几乎不可能。那么，谁最有可能呢?或者说谁的嫌疑最大?
要做到神不知鬼不觉地毒杀光绪，至少需要具备三个条件：一是能自由进入光绪皇帝囚禁的瀛台;二是和光绪皇帝很熟悉，或者光绪对他颇为信任;三是受到慈禧太后的宠信。
使用排除法，很快一个人浮出水面，大太监李莲英。作为晚清最有权势的太监，李莲英心机颇深，尽管他是内心向着慈禧太后，但对光绪皇帝也不得罪。1901年慈禧太后和光绪从西安回北京时，李莲英曾把自己被子让给光绪。
回到北京城后，光绪对这件事铭记于心，“若没有李俺答(满语中)，我恐怕都活不到今日。”因此，李莲英最符合上面三个条件。启功先生生前披露过光绪的死因，因为他的曾祖父溥良在礼部尚书职位上，曾赶上慈禧太后和光绪死亡。
启功先生说，“我曾祖父看到一个太监端着一个盖碗从乐寿堂里出来，谨慎起见，就问太监端着的是什么，回答是‘老佛爷赏给万岁爷的塌喇(酸乃)’。”试想，当时李莲英也在现场，以他的能力，能不知道这可能是毒要?因此，除了慈禧太后外，李莲英就成为了第二嫌疑人。
