北元(1368年-1389年)是蒙古族在蒙古草原建立的政权。1368年元惠宗迁都滦京，仍以"大元"为国号，因地处塞北，故称"北元"。共传二位皇帝，享国二十一年。
1368年中原局势彻底失控，元惠宗出逃大都，坐镇蒙古继续指挥各路元军镇压民乱。 此后北元几度南征都未能重占大都，到1389年在蓝玉率领的明军进攻下灭亡。
北元虽偏安于蒙古高原，却是蒙古族历史上经济文化繁荣、科技进步、对外开放程度较高的时期。
至正二十八年(1368年)七月，明将徐达等率军攻占大都，孛儿只斤·妥欢帖睦尔北奔上都。除元惠宗坐镇蒙古故地以外，山西、甘肃的扩廓帖木儿;辽东的纳哈出;云南的把匝剌瓦尔密，都在各自的管辖之地策应着大元皇帝的军事行动。 此外，北元与高丽、畏兀儿仍旧保持着政治上、经济上的联系。
至正二十八年(1368年)冬，元惠宗命大将扩廓帖木儿从山西出兵夺回大都，军行途中，明太祖命大将徐达袭击他的后方太原。元军回师救援，正中计谋，被明军袭破大营。折兵四万，仅率十八骑逃入甘肃。山西被明占据。 至正二十九年(1369年)春夏，中书右丞相也速几次进攻通州，均被明军击退。明军乘势北进。惠宗从上都退往应昌，宗王庆生、平章鼎住被明军追及擒杀，一万将士被俘。 上都陷落。蒙古贵族留恋故元，一直图谋恢复其在全国的统治，不断向明朝统治地区发动进攻，明朝对此深以为患。
至正二十九年(1369年)常遇春、李文忠攻占上都，惠宗北走应昌。同年，徐达和扩廓帖木儿大战沈儿峪，最终徐达大破扩廓帖木儿。擒郯王、文济王及国公、平章以下文武僚属千八百六十余人，将士八万四千五百余人，马驼杂畜以巨万计。扩廓帖木儿仅挟妻子数人奔和林。左副将军李文忠等率东路出居庸关，直克应昌，惠宗之孙买的里八刺及后妃、诸王、官吏等多人被俘，解往京师。时元惠宗已卒，太子孛儿只斤·爱猷识理答腊仅以数十骑败走和林，会合败于陕甘的扩廓帖木儿，在和林即皇帝位，称必力克图汗，年号宣光，以明年为宣光元年。
宣光元年(1371年)，明军十五万兵分三路，出击漠北。中路徐达出雁门趋和林，东路李文忠由居庸出应昌，西路冯胜由金兰趋甘肃。中路军由徐达统率，在土刺河打败扩廓帖木儿的军队，随后扩廓贴木儿与元将贺宗哲合军，向徐达的主力发起进攻，徐达被击败，其所率明军遭到毁灭新打击，明军死亡数万人。李文忠所率东路军与北元兵在克鲁轮河、土剌河、鄂尔浑河一线受挫。冯胜所率之西路军，在甘肃永昌、扫林山等地击败元军。出兰州，由亦集乃路至瓜州、沙洲，取得了一定的胜利。这一次明对元的战争，西路军胜利，中路军失败，东路军失败，整体以失败告终。明军在短时期内不敢再深入草原作战，北元则争取了喘息时间，双方在边境地区不断发生拉据式的冲突。此后，朱元璋吸取此役受挫的教训，采用尺进寸取，专事经营沿边地区的方针，向辽东和青海方向延伸，得地后随即设卫，避免孤军深入漠北，北元诸王将士相继归附。
宣光五年(1375年)，扩廓帖木儿病死漠北。这一年纳哈出进攻辽东州城，屡被击败。
明朝在屡征元朝的同时，对主动投降和战争中被俘的大批北元贵族、官吏和军民，都给予优厚的待遇并予安置。明朝希望借此招引更多的北元人马。明初几十年间，确实有大量的蒙古人和汉人从北方跑到内地，成为明朝的臣民。当然，明朝的最终目的是招降北元皇帝。朱元璋曾封昭宗孛儿只斤·爱猷识理答腊之子孛儿只斤·TUO古思帖木儿为崇礼侯，不久将他送还漠北，并几次遣使给昭宗送信，劝他及早归降。
1378年孛儿只斤·爱猷识理答腊死去，庙号昭宗。其子孛儿只斤·TUO古思帖木儿继任为北元皇帝，称乌萨哈尔汗，年号天元(1379-1388)。继续保持对明朝两立的立场。其丞相驴儿、蛮子、哈剌章和国公TUO火赤等集军于应昌、和林扣掠塞下。明朝多次召降不成，于天元二年(1380年)派沐英率师出讨，战于亦集乃路，俘获其国公TUO火赤、枢密知院爱足、平章完者不花等，其余众多降。与此同时，明廷又开始对云南及辽东的经略，以翦除北元在此两地的势力。据守云南的梁王把匝剌瓦尔密为元世祖忽必烈第五子忽哥赤的后裔，明兵取大都后与北元遥相呼应，执臣节如故，又两次杀害明廷的劝降使节。朱元璋遂决定用兵。
天元二年(1381年)七月，朱元璋命傅友德为征南将军，蓝玉、沐英为副将军，远征云南。明军在曲靖击败司徒平章达里麻所将领经兵十余万，俘二万，后直取昆明。梁王见大势已去带着妻、子一同投滇池自杀。左丞达的、右丞驴儿均自杀。与漠北蒙古贵族逐相呼应的这支力量被消灭了。蓝玉、沐英相继攻取大理等地，平定云南。
天元二年(1381年)，纳哈出率二十万元军驻扎金山(吉林双辽县)一带，始终没有受到很大的军事冲击。这支强大的势力，是明朝攻打北元时的掣肘之患。
天元九年(1387年)，朱元璋以冯胜为大将军，与傅友德、蓝玉等率兵二十万出征东北，明军步步为营，修筑宽河(河北宽城县)、会州、富峪(河北平泉县境)、大宁(今内蒙古宁城县)四座城，用以存积粮草。随后大军直趋金山。明军压境，纳哈出深感不安。这时明军派来了使者，劝他投降，不久纳哈出的部将全国公观童向明称臣。经过一番犹豫动摇，最后纳哈出投降了，二十万部众除一些逃散的之外，都作了俘虏，其中仅官员将校就有三千三百多人。纳哈出被朱元璋封为海西侯。 自此辽东尽属明有，漠北与高丽的联系亦被阻绝。
纳哈出率部投降，使形势发生了巨大的变化。朱元璋立即命蓝玉为大将军，征讨下一个更主要的目标--元昭宗爱猷识理达腊的之子TUO古思帖木儿。他认为"肃清沙漠，在此一举"，因此要求蓝玉勿失时机，必取成功。
天元十年(1388年)三月，蓝玉率师十五万北进。四月，到捕鱼儿海(今贝尔湖)，距离TUO古思帖木儿营地不过百余里路程。TUO古思帖木儿以为明军与纳哈出作战不久，粮草匮乏，不会深入北方再战，没有作迎敌的准备。而明军前锋奔袭他的大营之时，恰好风沙弥天，几十步外不见人。明朝兵马突然出现，TUO古思帖木儿根本不能作有效的抵抗，太尉蛮子仓促上阵，很快战败被杀。TUO古思帖木儿带着太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人逃往和林方向，行至土剌河一带，为其部将也速迭儿所缢杀，捏怯来、失烈门南下，投降明朝。 经此一役，乌萨哈尔汗的次子地保奴、嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头，以及大量印章、图书、兵器、车辆，都被明军俘获。
这次的失败使黄金家族--忽必烈家族的大元政权丧失了在蒙古人中至高无上的中央汗国的地位，大多数蒙古部落宣布TUO离它而独立。布里牙特·乌格齐于1402年杀元昭宗爱猷识理达腊的儿子尼古埒苏克齐汗孛儿只斤·额勒伯克。而后，布里牙特·乌格齐立尼古埒苏克齐汗之子孛儿只斤·坤帖木儿继位。
1402年，布里牙特·乌格齐杀掍特穆尔汗后称汗。1408年，蒙古太师阿鲁台杀布里牙特·乌格齐，迎立孛儿只斤·本雅失里为汗。1412年，瓦剌首领绰罗斯·马哈木杀完者图汗，向明朝称臣。1412年-1415年大汗空位。1415年，瓦剌绰罗斯·马哈木拥立孛儿只斤·答里巴为大汗，自任太师。1415年，阿鲁台再次攻打瓦剌，大汗孛儿只斤·答里巴、太师马哈木先后战死。绰罗斯·马哈木的儿子绰罗斯·TUO欢拥立布里牙特·额SE库为汗。1425年，阿鲁台拥立东蒙古科尔沁部首领哈萨尔七世孙孛儿只斤·阿岱为蒙古大汗。1438年，卫拉特首领绰罗斯·TUO欢杀大汗孛儿只斤·阿岱和阿鲁台。
对于明朝皇帝来说，成吉思汗的黄金家族的元朝已经完结了，草原的这些新君主是一支没有显赫历史的民族，他们在帝国的历史上既不显赫也不重要，他们不可能如黄金家族那样具有无上的威望和号召力。那么，元对于明的威胁就应该自此结束了。
但卫拉特人并没有忘记他们继承的是蒙古帝国的汗位，虽然在表面上，他们把自己和其他蒙古人尤其是黄金家族的距离拉得很远，但他们无时无刻不在想着恢复蒙古帝国原来的疆域。
在明朝还比较强的时候，卫拉特人是不会随便捋虎须的，他们还记得祖上马哈木的教训。因此，恢复帝国的第一刀他们向西南地区的察合台汗国砍去。布里牙特·额森击败了东察合台汗国的卫思汗，强娶了他的妹妹哈尼木公主，因为卫思汗是黄金家族，所以这一政治联姻，使得卫拉特人有了足以号召所有蒙古人的血统。
布里牙特·额森继承其父绰罗斯·TUO欢的王位时，蒙古帝国的疆域从巴尔喀什湖延伸到贝加尔湖，又延伸到长城附近。并以明朝拒绝贸易之名进攻明朝。明正统十四年(1449年)在土木堡之战中，打败明军，俘虏了朱祁镇。因不善围攻战，瓦剌大军无法攻陷大同和宣化，于是布里牙特·额森带着朱祁镇返回蒙古草原。
三个月后，布里牙特·额森土重来，进军至北京西北郊，遭遇明朝名将于谦的抵抗，发动的各次进攻均被击退，不久明朝的各路援军赶来。由于受到优势兵力的威胁，沿居庸关撤退。1450年，布里牙特·额森决定释放明英宗，并于1453年与明议和，并宣布自己是明的属臣，这一行动表明他抛弃了大蒙古国的宗主权，把自己看成是一个独立的可汗。这样做无疑并不明智，原本已经臣服于他的各黄金家族的部落和汗国又重新自立。明景泰四年(1453年)，布里牙特·额森在击败岱总汗孛儿只斤·TUOTUO不花后僭称"大元天圣大可汗"，建年号"天元"，遭到黄金家族的不满和反抗。
1455年，布里牙特·额森被暗杀。布里牙特·额森之子阿马桑赤台吉继其父汗位，在1456年进攻东察合台汗国，在伊犁河附近大败羽奴思汗。而在这时，皇后哈尼木(卫思汗之妹)在后方制造混乱，她的儿子亦不刺忻和也里牙思两兄弟对阿马桑赤发动叛乱，却没有成功。但经过这次内乱，卫拉特的实力严重的被削弱了。
在卫拉特人实力削弱的时候，成吉思汗后裔们并未立即组织反攻，因为他们正在家族战争中互相残杀。
1467年，成吉思汗的第27代继承人孛儿只斤·满都鲁在讨伐他的侄孙和继承人博勒呼济农孛儿只斤·巴彦蒙克的一次战争中去世。而博勒呼济农在他能够称汗之前的1470年也被暗杀。一度人丁兴旺的黄金家族中，仅剩下博勒呼济农之子孛儿只斤·巴图孟克。
孛儿只斤·巴图孟克的命运及其不幸，据权威学术史料《蒙古黄金史》记载，达延汗巴彦蒙克乃是北元必里克图汗，即元昭宗爱猷识理达腊的直系子孙，家族的长辈都在内讧中死去，小小的孩子孤苦无依，连他的母亲都抛下他改嫁了，这简直比成吉思汗年幼时的遭遇还要悲凉。所幸，孛儿只斤·满都鲁的年轻遗孀满都海赛音可敦把他置于自己的保护之下。满都海赛音可敦在1470年宣布孛儿只斤·巴图孟克继承蒙古大汗，尊号达延汗。满都海赛音可敦率领军队打败了卫拉特人，将他们彻底赶出了蒙古中东部地区。为达延汗日后的统治奠定了基础。
达延汗在位时间37年，从1470年到1517年。在1481年亲政之后，达延汗镇压了右翼的土默特人、兀良哈人的叛乱。并从1497年到1505年间，他对从辽东到甘肃的明朝边境地区进行了一系列卓有成效的攻击，使得明朝无法与卫拉特人联系。
1543年达延汗去世，达延汗之孙孛儿只斤·博迪继承了汗位，尊号阿剌克汗。虽然广大的领土被达延汗的众多子孙瓜分，但从1544年到1634年蒙古帝国的汗位一直稳固的在达延汗的长支后裔察哈尔部中传承，历经阿剌克汗(1544-1548年)、库登汗(1548-1557年)、札萨克图汗(1557-1593年)、彻辰汗(1593-1604年)和呼图克图汗(1604-1634年)。
虽然达延汗的长期统治稳定了蒙古帝国汗位传承，但并没有克服蒙古民族的最大弱点-实行瓜分家族遗产的习惯法。当帝国的创建者死后，帝国便成了一种类似联邦式的家族国家，国内的各级首领，都是兄弟或堂兄弟，他们虽然承认察哈尔部的最高权力，但处于半独立状态。
随着时间的流逝，察哈尔部的汗位继承者们逐渐失去了足以统治整个蒙古的力量，西方的卫拉特人和东方兴起的女真人都是他们可怕的敌人。但这个时候，卫拉特人正在对付哈萨克汗国、沙皇俄国以及内部的绰罗斯家族与和硕特家族的权力争夺，因此，结束蒙古帝国历史的，只能是女真人建立的后金了。
1604年，孛儿只斤·林丹巴图尔继承汗位，接受黄教沙尔巴呼图克图的灌顶戒教，称库图克图汗。库图克图汗并不是一个昏庸无能的大汗，他早已看出后金对于蒙古的野心，因此上从继位始，便开始重新统一各部，自称"统领四十万众蒙古国巴图鲁青吉斯汗"。1627年派兵收服右翼鄂尔多斯、喀喇沁、土默特等部，与喀尔喀部却图汗结为联盟，声威大振，所辖地域东起辽东，西至甘肃。但是，次年，朵颜兀良哈的苏布台、喀喇沁的达来台吉、土默特和布石图汗、额尔多斯的额仁沁济农以及永谢布、阿苏惕、阿巴嘎、喀尔喀等部联合组成大军十万，在土默特的召城一战中，消耗了库图克图汗经锐兵力四万余人，这使得库图克图汗的实力大为削弱，而他的敌人是综合了蒙古人的彪悍和汉人的谋略的后金大汗努尔哈赤和皇太极，这就注定有勇猛少计谋，统治着的已经衰微的蒙古帝国的他只能失败。
爱新觉罗·努尔哈赤时期，科尔沁部、扎鲁特部便在联姻之下归附了后金。土默特、喀喇沁、兀良哈等部为了避免库图克图汗的报复，
也投奔了后金。1625年，库图克图汗出兵嫩江，攻打科尔沁部。后金出兵援助科尔沁，库图克图汗退走。爱新觉罗·皇太极即位后，把库图克图汗做为主要的敌人。1628年，派遣贝勒爱新觉罗·阿济格与老哈河上游受孛儿只斤·林丹巴图尔统治的喀喇沁部会盟，共击库图克图汗。9月，爱新觉罗·皇太极亲率大兵至绰洛郭尔，宴会察哈尔部控制下的敖汉、奈曼、喀尔喀、札鲁特和喀喇沁等部领兵前来的诸首领。库图克图汗有大汗之名，但已经陷入了孤立，被迫退出西拉木轮河流域，至归化城(今呼和浩特)固守。
1632年4月，爱新觉罗·皇太极再率大军西进，爱新觉罗·多尔衮从征。至西拉木轮河畔，会集蒙古诸部兵，共击孛儿只斤·林丹巴图尔。面对势力远胜自己的敌军，库图克图汗无奈自归化城驱人畜十万渡黄河西逃。但面对已经大势已去的局势，部众十之七八在途中散去。库图克图汗逃奔青海，两年后在青海打草滩病死。
1635年，爱新觉罗·多尔衮与爱新觉罗·岳托等领兵万人渡河，招降了库图克图汗剩下的部众，之后孛儿只斤·额尔孔果洛额哲献传国玉玺出降，整个漠南蒙古完全纳入了后金的版图，大蒙古国的汗位至此断绝，而蒙古帝国，也永远的消失了。
