1645年九月，武定土司吾必奎趁机发动叛乱，声言：朱皇帝都没了，哪还有什么沐国公。叛军先后攻下大姚、定远、姚安，全滇震动。沐天波等人急忙下令调集石屏土司龙在田、嶍峨土司王扬祖、蒙自土司沙定洲、宁州土司禄永命、景东土司刁勋等部，于九月间一举击败叛军，吾必奎及其党羽都被活捉。沙定洲原是王弄土司沙源的儿子，阿M州土司普名声死后，其妻万氏改嫁沙定洲，两土司合而为一，势力大增，以临安府生员汤嘉宾(万氏的妹夫)为谋主，暗中筹划利用沐府同云南巡抚和三司官之间的矛盾、各土司的向背不一，发动一场夺取云南权力的政变。于是，沙定洲夫妇统率的土司军在吾必奎叛乱已经平息后，仍滞留于省会昆明。沐天波因定洲之父沙源一贯表现忠贞，不疑有他，在黔国公府内多次设宴招待。沐府二百多年积累的财富使定洲垂涎衣滴，昆明守备力量单薄、汉族统治集团内部的摩擦，更使他感到有可乘之机。1645年十二月初一日，沙定洲部署已定，以告辞为名，亲自率领士卒攻入黔国公府，同时分派部众占领省城各门。由于变生意外，沐天波来不及组织有效的抵抗，在几名心腹卫士保护下带着官印、世袭铁券等物逃往西宁，途中由龙在田、禄永命保护来到楚雄，这里有金沧兵备道杨畏知镇守，才暂时安顿下来。沐天波的母亲陈氏和妻子焦氏未能随行，仓卒中逃入尼庵自尽。
规模扩大
沙定洲占领昆明以后，自称“总府”，“总府”是明黔国公世爵的一般称呼，这表明他已经企图取代沐天波的地位。其妻万氏称主母。“并舆出入，遍谒缙绅。滇中豪右投为谋划者甚众”。沙定洲派兵追拿沐天波，在楚雄被杨畏知集结的军队击败。他在西进失利之后，发兵收取云南各地，在不长时间里除了杨畏知、沐天波控制下的楚雄以西地区外，都归附了沙氏。沙定洲轻而易举地攫得了沐府累世蓄积的财富。“沐氏世镇云南，府藏盈积。佛顶石、青箭头、丹砂、落红、琥珀、马蹄、赤金皆装以箧，箧皆百斤，藏以高板，板库五十箧，共二百五十余库，他珍宝不可胜计。定洲运入本峒，累月不绝”。沙定洲虽然发了一大笔横财，但他并不满足于此，取代黔国公世镇云南的合法地位才是他的主要目的。因此，沙定洲在策略上尽量争取明朝廷任命的云南官员和在籍的汉族官绅，他不仅下令凡是愿意接受自己指挥的各府县汉族流官一律留任，而且胁迫或伪造云南巡抚吴兆元、在籍大学士禄丰人王锡衮给隆武朝廷上疏，说：“天波反，定洲讨平之，宜以代镇云南。”王锡衮在崇祯年间官至吏部左侍郎，隆武时晋升为东阁大学士礼、兵二部尚书督师云贵湖川广五省军务，他由故乡禄丰来到省会昆明时，适逢沙定洲之变，遭到软禁。
这年十二月初十日王锡衮写的《风节亭恭纪》一文对沙定洲叛乱和云南局势作了以下的揭露：
适今新皇(指隆武帝)龙飞海甸，辟网旁招，畀臣以号召恢剿等事。曾不逾日，再晋阁衔，且于滇在事诸臣敕中谆谆及衮。凛兹大义，胡敢苟安。勉强应命，实衣以报新皇者报我烈皇帝。遭逅多艰，为贼臣(指沙定洲)夥计困厄会城，进退维谷，日与诸魔鬼作邻。甚至煌煌颛敕为中贵臣万里恭捧而来者，亦抗阻不容出接。悖逆如此，是尚知有朝廷也哉!封疆重吏(指云南巡抚吴兆元等)不惟不能匡正，而反摇尾听之。滇事真不可言矣。臣衮血新具存，义愤常结，惟有捐躯如赴，俟时而行。即闺中诸弱息者流亦饶有须眉气，如腊月四日之事(十二月初一日沙定洲叛乱，初四日王锡衮的妻妾被迫自尽)大概可想见，臣复何言。惟是前此中间如委曲出疏皆一般宵小播弄成篇，属草改窜推敲，虽字句无所不用其极。更有一篇没天日的文字，不识构者是何肺肠，以抚军恐被人识破而止，犬豕不食其余，是岂臣衮所忍见。有主使者，有佐助者，其中可历而指也。近又迫挟出咨参杨道(指杨畏知)矣，青天白日之下，魑魅公行;眼见新皇属望盛心，万不能副。恭读御制旨云：“朕有堂堂不怕死之身。”有是君定有是臣，臣愿身任之，以对扬我烈皇帝。
他在《自誓》诗中也痛斥沙定洲是“贼党无端舞叛戈”。这里比较详细地摘引了王锡衮陷入虎口时留下的遗文，是因为当时他失去自由，沙定洲等人盗用他的名义向隆武朝廷和云南各地发出奏疏和咨文，造成许多错误的记载。沙定洲之变如何评价，学术界可以讨论，但是说王锡衮支持沙定洲则完全违背事实。
由于当时的政治局势动荡不宁，道路僻远，在福建的隆武朝廷对云南发生的事变弄不清楚，仅仅凭借吴兆元等人署名铃印的奏疏和某些传闻，就发出了“扫除沐天波”的谕旨。《思文大纪》一书在隆武二年(1646)四月内记：“云南巡抚吴兆元疏辞敕书印剑。上谕其加意料理，曰：卿久抚戡滇疆，弘宣猷绩，正资善后，毋贻朕南顾忧。扫除沐天波，业有成命。不准辞。务令南人不反，以成一统丰功，朕复另有酬叙。”从这条材料用了“业有成命”一语来分析，说明在四月以前另有一件失载的相关谕旨。吴兆元的辞职表明他也不愿意同沙定洲合作;隆武帝不准他辞职意味着朝廷对云南局势不放心，责成巡抚加强控制。瞿共美的记载进一步说明隆武朝廷对云南的局势若明若暗，大有鞭长莫及之虞：“云南抚、按及沐天泽交章称黔国公沐天波造反，有土司沙定洲出奇兵扑灭之。……遂诏天泽袭封。”后来又从另一途径得到报告，是沙定洲叛变，突然攻入黔国公府，“天波仅以身免，母、妻及天泽俱被劫，胁令具疏”。“然地远莫能得要领，朝廷置而不问”。
大西军入滇
1647 年初(顺治三年底)，张献忠在西充县境不幸牺牲。大西军急速南撤，面临着严峻的考验。他们后面是穷追而来的强劲清军，前面又有南明军队凭借长江扼守，大西军几乎走到了山穷水尽的境地。然而，在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇的领导下，大西军余部一举击破据守重庆的南明总兵曾英部，曾英落水淹死，部众溃逃。大西军渡过长江天险，打开了南进的通途，为实现由黔入滇的战略转移奠定了基础。
张献忠牺牲以后，领导大西军的重任很自然地落到了孙可望的肩上。他立即改变张献忠滥杀无辜的过火行动。1647年正月初一日，大西军余部集中于四川綦江，收集溃散，重整队伍 ，下令：“自今非接斗，不得杀人。”接着，孙可望等率领经过整顿的部队进入遵义，“秋毫无犯”。由于清肃亲王豪格派遣的军队追踪而来，大西军继续南撤，进入贵州，“所过民皆安堵”，顺利地占领了省会贵阳。明贵州按察使张耀、布政司参议曾益、都指挥使陈瑞征等逃到定番州(今贵州省惠水县)，拼凑了一批反动武装负隅顽抗。 孙可望派定北将军艾能奇领兵进攻，在二月十二日攻克定番，张耀等被处死， 曾益自杀。清军前锋在占领遵义和川东部分地区后，因地方残破，到处是一片荒芜，粮食接济不上，被迫“凯旋”回师。大西军在贵州的胜利，使自己摆TUO了清军的追击，得以整顿内部和休养士卒。
大西军南下后出现的气象一新，同孙可望等人整肃内部有密切关系。张献忠遇难后，他的妻子和亲信宰相汪兆龄仍然高踞诸将之上，主张照旧行事， 即继续推行献忠在世时的过机政策。“时可望等奉伪皇后为主，驻遵义桃源 洞。诸贼每早必先往朝，凡事奏请而行。伪宰相汪某辅之，每公会议事， 犹傲据诸贼上”。孙可望等人认识到政策上的改弦易辙已经成为大西军生死存亡的关键，必须采取果断行动清除改革的障碍。因此，孙可望、李定国、 刘文秀、艾能奇一致决定把“皇后”和汪兆龄处死，四人被张献忠收为养子后均改姓张，这时各自恢复原姓。这样，形成了四将军领导的体制。四人中孙可望原来的地位和威信比较高，年纪稍大，又读书识字，自然成了主要的领导人。
大西军进入贵州以后，豪格统率的清军已经由四川撤回北京，南明杂牌官军又不足以同大西军相抗衡，孙可望等人本来可以把贵州作为基地，休整兵马，建立政权。当他们得到南发生了沙定洲叛乱的消息后，立即决策挥 师南下，直取云南。孙可望等大西军领导人选择云南作为自己的进军目标，是有历史背景的。大西军的骨干多是陕西人，他们虽然长期流动作战于长江南北，还有一 段经营四川的经验，可是云南在当时被看成是僻远烟瘴之地，没有对该地的基本了解不可能贸然进兵。早在崇祯十一年和十二年(1638—1639)张献忠受抚于湖北谷城期间，他和部下主要将领同从云南调来的官军就建立过相当密切的关系。当时，奉明朝廷调遣到湖广的总兵龙在田是云南石屏上司将领;张献忠出于策略考虑，曾经拜龙在田为义父，并且从他那里得到了马匹、 交抢。明政府派驻龙在田军中的监纪原任知县侯弘文，也因龙在田的关系“与献忠烂熟”。张献忠和龙在田的部下也来往密切，例如龙在田所统土司兵阿来婆“为逆献所喜，常召至帐中商酌事请”。张献忠军同云南土司兵将的过 从甚密，甚至在湖北荆州人士中引起不安，“谣言滇兵通贼”。这些材料表 明，包括孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇在内的大西军高级将领同云南土 司龙在田等人是老相识，在湖广时虽然未必会想到后来取云南为基地，但平 时言谈笑语中势必对云南各方面的请况有较多的了解。当他们率部来到比较 贫瘠的贵州时获悉云南被沙定洲叛军占领，立即决定进军云南，就不是偶然的事了。
有的史籍记载，大西军入滇是接受了龙在田的建议，如《临安府志》云： “孙可望等至贵州，在田说令攻定洲。”明清之际在云南任职的冯甦也记载： “又明年丁亥，张献忠被诛于西充，其义男孙可望等率残兵由遵义入黔。龙 在田使人告变，且劝其至滇。可望因诈称黔国焦夫人弟率兵来复仇。云南初苦沙乱，皆延颈望其来，不知为贼也。”《石屏州志》记：“沙定洲反，沐镇(指沐天波)被围楚雄，在田实左右之。及李定国入滇，在田声势大振。”龙在田对于大西军的决策进滇无疑起了重大作用。
孙可望等率部入滇时，为了减少进军的阻力，事先派出间谍前往云南， 利用汉族官绅、部分土司对沙定洲的不满请绪和黔国公在云南长期享有的威望，散布假请报说行将入滇的大西军是沐天波妻子焦氏家族的武装，来云南 为沐氏复仇。这一策略果然收到明显效果，“云贵人民深信，一路俱如此传 播，故贼兵所至，悉开门降。长驱而来，全无梗阻”。1647年(永历元年、顺治四年)三月二十五日，大西军占领平彝(今富源县)，进入云南省境。 同月二十八日攻克交水;次日移兵曲靖，歼灭沙定洲所设守军五百名，俘获 明云南巡按御史罗国。为了M或沙定洲，孙可望等占领曲靖后，不是向西进攻省会昆明，而是南下直趋阿M州(今开远)，在蛇花口击败沙定洲援军 一千名。沙定洲见兵力不敌，又误认大西军确系焦氏家族所召援兵方能熟知 地理先攻其老家，就在四月十八日主动放弃昆明，逃回蒙自故里佴革龙 。行前命部将杜其飞把软禁于贡院的明大学士王锡衮杀害。留在昆明城内的明朝 巡抚吴兆元等人终于弄明白了入滇的并不是什么焦家救兵，而是大西军，然 而他们手头无兵，只有听任绅民投降。四月下旬，大西军经宜良顺利地进入 昆明。“二十四日，孙、李诸军入城，秋毫无犯”。大西军进入昆明以后，经营云南面临许多复杂请况，需要加强核心领导。 五月，孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇“以事权不一，推可望为帅”。孙可望以“盟主”的身分不失时机地部署兵力平定云南各处叛(即依附沙定洲 的势力)、顽(指效忠于明黔国公沐天波和杨畏知的势力)集团。李定国带领一支经兵于五月十九日抵达沙定洲重点防御的临安府(府治在建水县)， 二十二日采取挖掘坑道直至城墙下面填塞火要的“放迸法”轰倒东南面城墙， 迅速占领全城。临安距离沙定洲的家乡阿M州(今云南开远市)很近，大西军本来可以趁胜进攻阿M，不料原昆阳知州冷阳春和晋宁举人段伯美发动叛乱，李定国惟恐后方有失，立即“星夜回兵”，于六月二十三日平定了两州的 叛乱，沙定洲才得以苟延残喘。
平定叛乱
寇迫使降，不屈，同声骂贼，遂遇害。”按，南宁县即云南曲靖府附郭县，不是现在的广西省南宁市。刘文秀统兵由昆明北上，经富民收取武定州、和曲、禄劝等地，然后向西推进，占领鹤庆、丽江、剑川，平定了滇西北地区。孙可望在八月间亲自 领兵经禄丰进攻杨畏知、沐天波据守的楚雄、大理等滇西地区。杨畏知的军 队在禄丰县城东面的狮子口被大西军击溃，他本人也被活捉，孙可望考虑到 他在云南官绅中是反对沙定洲叛乱的代表人物，再三劝他投降。杨畏知坚持 不同“流寇”建立的大西政权合作。
经过谈判，双方达成妥协：一，不用大西年号;二，不妄杀人;三，不焚庐舍、Y妇女。协议中第二条和第三条， 大西军进入贵州后就已经作出了政策调整，自无异议;关键是第一条，孙可 望等大西军领导人接受了杨畏知的意见，暂以干支纪年，为后来联明抗清铺 平了道路。九月，刘文秀带领兵马进抵永昌府(今云南保山县)，以“共扶 明后，恢复江山”为条件同沐天波谈判。沐天波亲身遭到沙定洲叛乱的荼毒， 弄得家破人亡，自己的兵力又非常有限，决定借大西军复仇，双方很快达成 合作协议。沐天波不仅派自己的儿子先行前往大西军营中纳款，还发出檄文 责成永昌府推官署金腾道印王运开、通判署府印刘廷栋向大西军缴印投降; 遭到两人拒绝后，又派人说服永昌府绅民不得抵抗。
由于沐氏家族自明初以来世镇云南，佩征南将军印，在军卫、土司中享有很高的威信，孙可望等入滇后收缴了明朝颁发的文武各官印信，只有沐天波所佩世代相传的“征南将军印”仍予保留，让他行文招抚各土司。于是，迤西一带不战而下，“各土 司次第来归”，“去方三月，而迤西尽平”。到 1647年十月，云南全省只剩下阿M州、蒙自地区仍在沙定洲控制之下，北面的东川府(今云南会泽县) 土司禄万亿、禄万兆心存观望，不肯按额纳饷。
1648 年(永历二年、顺治五年)五月，孙可望等商议后，决定由定北将军艾能奇率领兵马往征东川。艾军进至距东川府三十里处遭到埋伏于路傍深箐中的禄氏土兵袭击，能奇中毒箭流血不止，连夜抬回昆明，不治身死。孙可望下令厚葬能奇，另派经兵取道壁谷坝，击败禄氏土兵，平定了东川及其 附近州县土司，巩固了对昆明东北方面的统治。
为了彻底铲除沙定洲的残余势力，这年七、八月间由李定国、刘文秀领兵南征阿M、蒙自。由于道路崎岖，粮饷难继，孙可望“乃起省城民夫，每户夫一名，每名领二斗，至临安交米一斗五升，其五升给夫作口粮;省城每夫一名脚价银二三两不等”，民“乐于挽运，不知其苦”。李定国、刘文秀士马饱腾，迅速击败沙定洲军，攻克阿M、蒙自，把沙定洲围困在其老寨佴革龙。 佴革龙地势险要，却缺乏水源，沙军每乘夜间下山取水。李定国等下令于水源处立砦，分兵把守。沙定洲军饥渴难耐，被迫投降。李定国、刘文秀除了把沙定洲、万氏和少数为首者解往昆明外，“招抚附近地方，凡附逆者悉不究，各安农事。如是出降络绎不绝。李定国抚慰赏劳之，出令不许掳掠，违者立斩。 自是迤东半壁安堵矣”。十月，沙定洲、万氏、汤嘉宾等在昆明被处死，标志着混战局面暂告结束。在孙可望的部署下，经过一年多时间的东征西讨， 平定了云南全省，使当地百姓自明末兵燹以来过上了安宁的生活，连清初人士也记载“孙可望等倡义之名至今人犹称道焉”。
