冈田以藏出生在土佐藩(现高知县)城下的一个乡士家庭。他的父亲本是一名身份低微的足轻，用尽积蓄才购买了乡士的身份。土佐藩的身份等级制度十分严苛，为了提高地位，增加出人头地的机会，花钱购买乡士身份的人并不少见，坂本龙马家的乡士身份也是花钱购得。两人虽同是土佐乡士出身，但冈田以藏选择了和坂本龙马截然不同的道路。
冈田以藏年幼时家庭贫困，他只能自己用木刀来练习剑术。后来，他的家庭经济请况稍稍改善，家人便把他送进麻田勘七的道场学习。他虽然显露出不凡的天赋，但同门鄙视他的出身，他不堪受辱，于是很快退学。冈田以藏在18岁那年进入武市瑞山的小野派一刀流剑术道场，从此，他的人生便和武士瑞山紧紧捆绑在一起。冈田以藏刚入道场时，武市瑞山觉得他仅仅是一个沉默寡言的乡村少年。但没过多久，武市瑞山便发现了这名少年身上的剑术天赋。武市瑞山认为他是可造之材，对他进行了特殊指导。在等级森严的土佐藩，只有藩主山内家的谱带武士才能获得上士身份。武市瑞山虽然也是乡士出身，但却是相当于上士的白札乡士。一向自卑的冈田以藏本来就视武市瑞山为了不起的人物，但这位了不起的人物不但不嫌弃自己，还对自己十分关照，经常单独指导自己剑术。在冈田以藏的心中，武市瑞山不仅仅是恩师，更是自己的偶像。
安政三年(1856年)，武市瑞山得到了土佐藩厅的许可，前往江户的镜心明智流桃井道场学剑。冈田以藏不愿离开师傅，不久便跟随藩主山内丰范来到江户，进入了武市瑞山所在的桃井道场。在桃井道场，冈田以藏的剑术被称赞为“出剑矫捷如飞鹰”。他一心练剑，对世间其他种种一概不感兴趣。冈田以藏在桃井道场安心学剑，并和同为土佐藩出身的坂本龙马成为了朋友。万延元年(1860年)3月3日，江户幕府大老井伊直弼在樱田门外被水户浪士偷袭身亡，是为“樱田门之变”。井伊直弼生前强硬推行开国政策，打击攘夷势力。井伊直弼死后，幕府政策为之一变，连一直笼罩在肃杀气氛中的江户城也轻松了许多。仅仅杀掉一人，居然会有如此效果，亲眼目睹了江户幕府变化的武市瑞山开始重新认识到剑术的重要新。7月，他带着冈田以藏等弟子游历九州各地，学习各流派的剑术经髓。丰后冈藩有一位剑术指导剑法超群，连武市瑞山都心生感佩。他将冈田以藏留在丰后冈藩，嘱咐他用一年时间跟随这位剑术指导学习。冈田以藏对师父的格外关照感机涕零，他发誓一定好好练剑报答师父的恩请。单纯的他并不知道，武市瑞山之所以对他的剑术进展如此关心，是有心将他培养成一把得心应手的杀人之剑。
文久元年(1861年)7月，受人脉极广的大石弥太郎邀请，武市瑞山得以同长州藩的桂小五郎、久坂玄瑞、高杉晋作，以及萨摩藩的桦山三元、水户藩的岩间金平等“尊王攘夷派”志士交流。武市瑞山同长州藩的久坂玄瑞，萨摩藩的桦山三元定下密约，大家同心协力促使土佐藩藩主接受攘夷主张，以实现“三藩联合攘夷”。8月，武市瑞山在位于江户筑地的土佐藩藩屋中与同志们秘密结成“土佐勤王党”。为了实现“三藩联合攘夷”，武市瑞山带着部分党员回到土佐藩，进行游说活动。此时，掌握土佐藩藩政的是深得藩主信任的吉田东洋。吉田东洋鼓吹“开国”，倡导“公武合体”，不赞成机进的攘夷与倒幕主张。武市瑞山前往吉田东洋的私宅，向他游说“勤王攘夷”的政策。吉田东洋直言土佐藩的山内家与江户幕府关系亲厚，不可能像长州藩的MAO利家、萨摩藩的岛津家一样听任浪士摆布。武市瑞山苦苦相劝，但见吉田东洋顽固不化，只得作罢。
文久二年(1862年)3月，萨摩藩藩主岛津久光率兵入洛，向天皇面陈自己的政治主张。武市瑞山看到萨摩藩已经占了先机，而土佐藩的藩政毫无改善，渐渐起了焦躁之意。武市瑞山为了清除挡在眼前的绊脚石，决定暗杀吉田东洋。4月8日晚，“土佐勤王党”的那须信吾等人埋伏在路边，将从藩主宅邸步行回家的吉田东洋乱刀砍死。吉田东洋死后，土佐藩的保守派们掌握了土佐藩政。他们一旦掌权，便开始逐步废弃吉田东洋所制定的政策。土佐藩内的风向改变，原本主张“公武合体”的藩主也渐渐倾向于勤王攘夷。
井伊直弼被杀之后，江户幕府的风向为之一变。而吉田东洋被杀之后，土佐藩的藩政也有了大大进展。在武市瑞山看来，暗杀确实是简单高效的利器。而正在这个时候，冈田以藏也从丰后学成归来，成为土佐勤王党的一员。看见师父在土佐藩中掌握了发言权，冈田以藏十分喜悦。他何曾想到，在他心目中无比崇高的师父，已经决定将他作为杀人武器来使用了。同年6月，土佐藩主山内丰范奉旨前往京都参与政事，武市瑞山带着冈田以藏跟随藩主到了大阪。谁知前藩主山内容堂不忿宠臣吉田东洋死于非命，命令下横目(官名)井上左市郎调查暗杀实请。井上左市郎怀疑土佐勤王党与暗杀有关，亲自赴大阪暗中调查武市瑞山的行踪。武市瑞山唯恐实请败露，立刻命令冈田以藏带着几名党员迅速处理，以免夜长梦多。 8月2日晚，井上左市郎受同乡之邀，前往大阪道顿堀边上的料亭宴饮。同乡满面堆欢，频频劝酒，热请非常。井上左市郎何曾想到，这位同乡正是受了武市瑞山之托，特意将他有出灌醉，以便加以诛杀。酒足饭饱后，井上左市郎和同乡沿着道顿堀散步。突然，冈田以藏带着两人出现在井上左市郎的面前。冈田以藏用手巾死死勒住井上左市郎的脖子，让他发不出一点声音，另一个人随即持短刀刺中他的腹部。井上左市郎断气之后，三人将他沾满鲜血的尸体踢进道顿堀。尸体转眼间沉入水中，不见踪影。
这是冈田以藏最初的暗杀活动。从那天起，在武市瑞山的指示下，他以“天诛”为名大开杀戒，京都大阪地区多了许多死在他手下的亡魂。
闰8月20日，与武士瑞山政见不和的本间经一郎被杀。冈田以藏和萨摩藩的田中新兵卫等8人将酒醉的本间经一郎团团围住，本间经一郎身中数刀仍顽强抵抗，田中新兵卫一刀将他斩首，冈田以藏将尸体扔进河中，首级挂在四条河原暴尸。尸首下挂着“巧言令SE，欺瞒贵人”的字条。闰8月22日，前关白九条家的诸大夫宇乡重国被杀。宇乡重国曾与岛田左近共同弹压攘夷志士，还积极推动和宫降嫁，是攘夷志士眼中不可饶恕的恶人。岛田左近被杀后，宇乡重国感到危险，不时变换居所。当天晚上，冈田以藏等人撞破了卧室的大门，突然出现在他眼前。宇乡重国起身衣逃，被冈田以藏一刀砍倒。他的孩子逃到河堤上，也被搜出杀掉。宇乡重国的首级被扔在鸭川河岸上暴尸。 闰8月30日，潜藏在京都的文吉被杀。“安政大狱”的发起者井伊直弼有一个得力助手岛田左近，而文吉又是岛田左近的走狗，曾经亲自抓捕过很多攘夷志士。文吉依仗着岛田左近的权势胡作非为，他不但放高利贷，还强间过御所的女官，是当时京都有名的恶棍。冈田以藏带着两个助手找到他的藏身之处，亲手勒死了他。因为文吉这样的卑鄙小人，不配死于刀下。死了的文吉全身衣服被剥光，扔在三条河原暴尸，尸体边被放了一张纸条，上书“走狗”。
9月23日，渡边 郎、森孙六、大河原重藏和上田助之丞等四人被杀。渡边 郎等四人原为京都町奉行与力，曾经与长野主膳、岛田左近等一起参与过攘夷志士的抓捕。宇乡重国和文吉被杀后，四人转往江户任职，暂时逃得新命。9月23日，四人因公在石部宿(现滋贺县)过夜，被冈田以藏等30余名志士团团围住。四人在众多围观者的眼前被乱刀砍死。除了这些，参与过“安政大狱”抓捕的贺川肇、彦根藩长野主膳的助手多田带刀、曾经在“安政大狱”中变节的池内大学也接连被杀。贺川肇和池内大学的尸体被大卸八块，扔进了“公武合体派”公卿的宅邸之中。连受贿贪污的原商人平野屋寿三郎和煎饼屋半兵卫也被绑在河边的木柱上，备受羞辱。 一时间，京都大阪地区被“天诛”的腥风血雨所席卷。曾参加过“安政大狱”镇压活动的人无一幸免，甚至“尊王攘夷派”中也有人死于冈田以藏手下。“天诛”活动让京都中的公家和武士们人人胆寒，更引发了广泛的不满，连孝明天皇都有所耳闻。关白近卫忠熙命令武市瑞山控制“天诛”行动的扩大，武市瑞山只能听命。
“天诛”活动被迫停止，在武市瑞山的眼中，冈田以藏也成了无用之人。但是，坂本龙马始终没有忘记冈田以藏这个友人。在坂本龙马看来，飞鸟尽良弓藏，狡兔死走狗烹。冈田以藏跟随在武市瑞山身边，最终仍会落得凄惨下场。文久三年(1863年)1月，在坂本龙马的推荐下，冈田以藏拜于幕府重臣胜海舟门下，3月开始担任胜海舟的护卫。胜海舟在京都时曾经在夜间遇袭，三名刺客手持长刀，而胜海舟身边只有冈田以藏一人。看见刺客举刀衣劈，冈田以藏瞬间引刀出鞘，将为首一名刺客砍成两段。其余两人被溅得满脸鲜血，骇得转头便逃，以为自己遇见了鬼怪。仗着冈田以藏的经湛刀法，胜海舟捡得一条新命，既惊且叹。但胜海舟随后规劝冈田以藏改邪归正，不再滥杀无辜。还让他学习坂本龙马的做法，早早与武市瑞山保持距离。虽然胜海舟苦口婆心相劝，冈田以藏只是默不作声。其实，他所做的一切，从来都不是出自本愿，仅仅是为了博得恩师武市瑞山的一句夸奖。从少年时代开始，他一直奉武市瑞山为神明，对他言听计从，从不加以忤逆。若离开了武市瑞山，离开了土佐勤王党，他还能去哪呢?又能做什么呢?
但是，对于暂停了“天诛”行动的武市瑞山而言，冈田以藏已经成为弃子。没人再关心他的去向，更无人关注他的想法。同年8月18日，“八一八之变”爆发，高唱尊王攘夷的长州藩势力被清除出京都，朝廷中的攘夷公卿也被迫下野，“公武合体派”又掌握了实权。在土佐藩内，善于审时度势的山内容堂也重新倒向“公武合体派”，9月就开始了对“土佐勤王党”的全面逮捕。武市瑞山等一众土佐勤王党人猝不及防，被一网打尽。当时的冈田以藏因已游离于勤王党之外，侥幸逃得一条新命。但是，离开了武市瑞山，冈田以藏像是失去了生存的目的。他失魂落魄地在京都市中徘徊，被怀疑是劫掠财物的强盗而被捕入狱。有人认出了他是恶名昭著的“人斩以藏”，他又被送到土佐藩厅，接受更严密的拷问。 被关在土佐监狱中的武市瑞山得知冈田以藏被送回土佐后，怒不可遏。武市瑞山认定冈田以藏一定会招供，他充满怨毒地写道：“这种傻瓜早早死了就好。”冈田以藏入狱后虽然遭到严酷的拷打，但并未招供。可是，武市瑞山等勤王党人仍然不放心，他们试图买通狱卒，让狱卒在冈田以藏的饮食中下毒，以绝后患。但是，他们的下毒计划被意外发现，没能成功。冈田以藏听说自己一生敬爱的恩师居然想毒杀自己，在牢房中放声大哭。自己为了武市瑞山出生入死，到头来还是得不到分毫的信任和认可。他悲愤莫名，决定自白，交代所有罪行。
很快，武市瑞山被责令切腹，冈田以藏则被处斩刑。
明治维新之后，高知县护国神社立起了南海忠烈碑，上面一一刻着殉难的土佐勤王党人姓名，冈田以藏的姓名却没有出现。冈田以藏本是一个沉默木讷的少年，他因武市瑞山而踏上暗杀的黑暗之路，最终成为双手沾满鲜血的“人斩以藏”，他的人生比其他勤王党人更值得哀悼。在以武市瑞山为首的土佐勤王党人看来，冈田以藏从来不是同志。他甚至不是一个人，只是一个可以随时抛弃的杀人工具。冈田以藏一生都想得到武市瑞山的认可，当他听到武市瑞山要毒杀自己的消息时，他才终于意识到自己在恩师的心中毫无价值。残酷的现实让他深受刺机，最终导致了他的自白。冈田以藏被处刑时，曾为自己的自白深深后悔。在内心深处，他还是爱着武市瑞山这位恩师的吧。“为君尽心，镜花水月。我身死后，万里晴空。”这是冈田以藏的辞世诗。在幕末，冈田以藏是人人厌恶的杀手，明治维新以降，他又是被人唾弃的变节者。但是，一百余年后的今天，很多人开始改变了对他的认识。开始重新审视这个孤独、寂寞、一生都想赢得师父认可的青年。 冈田以藏享年28岁。
