在1653年克里米亚鞑靼人第三次背叛哥萨克后，赫梅利尼茨基明白了他无法再依靠克里米亚汗国来进行反波斗争了，酋长被迫转而向莫斯科公国寻求援助。协商开始于1654年1月的佩列亚斯拉夫，协商双方中哥萨克一方包括赫梅利尼茨基和很多哥萨克，而莫斯科一方由瓦西里·布图尔林带领;协商终止于4月的莫斯科，其中乌克兰一方为萨米洛·博格丹诺维奇-扎鲁德尼与帕夫洛·泰泰里亚，而俄方为亚列克谢·特鲁贝茨科伊、瓦西里·布图尔林和其他莫斯科贵族(波雅尔)。 在条约中，扎波罗热哥萨克与莫斯科公国形成宗主地位，并且一分为二;哥萨克酋长国首都为切黑轮与扎波罗热，国家中心在扎波罗热要塞要塞周围。这份条约也引发了1654年至1667年间的俄波战争。
赫梅利尼茨基去世后，他的儿子尤里·赫梅利尼茨基被任命为他的继任者。但是，很不幸的是，他既年轻又无经验，但更明显的是，他没什么魅力，和像他父亲一样的领导才能。
1657年，酋长国总理大臣、博格丹·赫梅利尼茨基的顾问伊凡·维霍夫斯基当选酋长，取代了尤里。维霍夫斯基试图制定一个更加独立于莫斯科的政策，并将自己定位为内战的中间派。扎波罗热哥萨克首领亚基夫·巴拉巴什和马丁·普什卡尔发动起义，这场起义在1658年6月于波尔塔瓦附近爆发的血腥冲突中达到顶点。在这场冲突中，维霍夫斯基虽然取得胜利，但是实力也被削弱，他决定与莫斯科公国断绝关系，在1658年9月16日与波兰签署哈帝亚希条约。
在条约中，乌克兰将成为波兰立陶宛联邦第三个独立主体，处在波兰国王的君权之下，但拥有自己的军队、法院和国库。但这份条约从未实行，因为它不受乌克兰下层民众的欢迎，下层民众也发动了更多起义。最终维霍夫斯基辞职，逃到波兰。
这也导致了所谓的“毁灭时代”。在这个时期，内战遍布整个国家，直到17世纪。
在1667年毁灭时代时，俄波双方签署安德鲁索沃条约，结束双方的战争，条约中哥萨克酋长国被分成左岸乌克兰和右岸乌克兰。酋长国只剩下左岸乌克兰与其核心基辅，和部分独立于莫斯科公国的主权、右岸乌克兰除了基辅以外，都划归波兰立陶宛联邦所有，酋长国的所有行政机关都被废除，波兰王国恢复了切尔尼戈夫省、基辅省和布拉茨瓦夫省的建制。
在伊凡·马泽帕被选为酋长后，毁灭时代正式结束了。马泽帕给国家带来了稳定。他让乌克兰再次统一于酋长的统治之下。酋长国在他的统治下欣欣向荣，而该国的文学和建筑学则更是。在马泽帕的统治时期发展出来的建筑形式被称为乌克兰巴洛克风格。在马泽帕的统治时期时，沙皇俄国和瑞典帝国之间爆发了大北方战争。马泽帕与彼得一世的联盟让酋长国损失了很多哥萨克，也让俄罗斯干涉酋长国的内政。在沙皇拒绝出兵保卫乌克兰，阻止卡尔十二世的盟友波兰国王斯坦尼斯瓦夫·莱什琴斯基进攻乌克兰后，马泽帕与扎波罗热哥萨克在1708年10月28日与瑞典人结盟。关键之战发生在1709年6月的波尔塔瓦，这场战役俄罗斯胜利，也击碎了马泽帕让乌克兰独立的目标，乌克兰的主权在之前的一份条约中被与瑞典的主权绑定在一起。波尔塔瓦战役之后，酋长国的主权变得有名无实，而俄罗斯也成立了基辅省。
在叶卡捷琳娜二世统治时期，哥萨克酋长国的主权被日渐剥削。在先前的几次尝试后，酋长一职最终在1764年被俄罗斯政府废除，被小俄罗斯执行管理委员会替代。于是，酋长国完全被俄罗斯帝国吞并。1775年5月7日，在女皇叶卡捷琳娜的直接命令下，扎波罗热要塞被毁。6月5日，俄罗斯炮兵和步兵包围了部落，并将其夷为平地。俄军对哥萨克实施裁减，国库档案被没收。科绍夫依酋长佩特罗·卡利尼舍夫斯基遭到逮捕，并被流放至索洛韦茨基群岛。这也终结了扎波罗热哥萨克。
