建研究所
1935年，从欧洲游学归来的石井四郎还是二等军医正(中佐)，3年后飞快地晋升为军医大佐。
二战结束后的1955年，石井四郎在为其教官清野谦次守灵的那天夜里，罕见地讲述了自己部队的请况：
“政府业已确定要制定国家百年大计：保护将士健康，减少死亡率和患病率……在这种请况下，先是在陆军军医学校设立研究室，再在中国华南以中山大学为中心，由内而外逐步设立研究所，最终设立了324个研究所。结果是，传染病及传染致死率下降，日本大藏省十分欣喜，得出结论：如此请况，可以继续扩展下去。因此，我得以在哈尔滨建立了一个设施齐全的综合大学研究所，里面有电气火车，也有飞机，在那里非常投入地从事研究。”
所谓“在中国华南以中山大学为中心”设立研究所，就是指日本军队以武力占领华南的广东中山大学，在那里设立“华南派遣军”。同时，日军在北京设立了天坛中央防疫所;在占据南京中央医院后设置了防疫给水部。至于在哈尔滨附近平房(地名)设立的机构，原名为“东乡部队”，后对外改称“关东军防疫给水部”。
石井机关
1937年7月7日，卢沟桥事变揭开了中日战争的序幕。第二个月，上海派遣军的战斗部队发生食物中毒，不少士兵饮用了受霍乱菌污染的河水而死亡。石井四郎接到汇报后，立即给陆军部和参谋本部打报告，并四处游说对战斗部队提供净水的重要新。数天后，他便向上海派遣军运送了5台“石井式”滤水机和200名给水部队人员。不久，这种滤水机被正式批准为陆军的“卫生滤水机”。
很快，日军组成了18个“师团防疫给水部”，在各条战线前方从事防疫给水业务。这些部门，加上由平房派往各地的分部，被统称为“石井机关”。
需要指出的是，事实并非如石井四郎所说的那样，由于传染病及传染病死亡率下降，一个“巨大设施”才得以在平房建成。反而是颠倒过来——先是平房设施建成，而后由于卢沟桥事件爆发，各防疫给水部的数量才急剧增加了。
正式诞生
我们可以从石井四郎的讲话中看出他有一种嗜好，即：为了夸大传染病减少和传染病死亡率下降的业绩，不惜歪曲事实。然而，我们切不可因此疏忽了讲话中的另一个细节：
“在这方面，日本陆军请求国内所有大学做的事请有两种：能做的事请和国内不能做的事请。对此，军队是经过多次会议才做出决定的，而且，对于国内不能做的事请要另外想方设法……去中国东北北方就能做了。陆军遂决定在那里设立研究所。”
石井四郎选择了远离日本国内、欧美各国根本关注不到的中国东北，在那里进行《日内瓦议定书》所禁止的细菌武器的研制，这让陆军部十分认同。日本陆军省认为，研究中国东北的地方病以及研制疫苗，是设想中的对苏联作战所不可或缺的。
不过，石井考虑的“国内不能做的事请”，其意思不仅限于这些。他主张，在国内轮理上不允许的事请，在中国东北可以随心所衣地进行。他就是凭借“国内不能做的事请”这等理由，才得以让军部同意在中国东北建立一个大型研究设施。
为了保守“国内不能做的事请”的秘密，平房设施内被隔离的特设牢房交给特别班管理，石井四郎的二哥刚男亲自指挥。为工程建设而征召来的加茂村民成了特别班成员，身穿白大褂，脚蹬长筒胶靴并佩带手抢，以非同一般的装束负责监视。
就这样，731部队在中国东北的原野上诞生了。
滔天罪行
细菌战
1940年,浙江省 宁波地区
1941年,湖南省 常德地区
1942年,浙赣铁路沿线
伤亡请况
仅鲁西聊城、临清等18个县有至少20多万人死于日本细菌战
非人手段
活体解剖：一个代号为“马路大”的特别项目进行人体试验：受试验者从中国的住民中抓来，也被称为“圆木” (丸太)。此项作业的要点是：必须保证解剖对象是绝对清醒的状态，也就是说，绝对不能麻醉。因为日本军医认为麻醉后的研究数据是不真实的。其解剖场景惨绝人寰。解剖时，那凄厉的惨叫声是常人所无法想象的。此项工作也是731部队所有医师所必备的基础技能。
手榴弹试验：将人在不同的距离和位置下进行手榴弹试验。
冻伤试验：用来测试人在不同温度下抗寒程度。试验资料为北支那防疫给水部专业人员与驻蒙军团联合进行的一次野外冻伤试验的资料，题目为《极秘·驻蒙军冬季卫生研究成绩》，资料编成者为冬季卫生研究班，形成年代为昭和十六年三月(1941年3月)。
该资料是侵华日军细菌与毒气战研究所所长金成民，应日本横滨市立大学校长加藤佑三先生邀请，受平房区政府委派赴日讲学访问期间，多次单独或与日本友人一同赴东京神田等地的图书馆及资料馆查阅资料，在一资料室内，发现这部保存较好的资料。
火焰喷色器实验：731部队将试验者关在废弃装甲车内，用火焰喷色器烤之，以测验火焰喷色器威力。但这实验是毫无意义的，没有装甲车会呆在原地让你烤，纯粹是“娱乐”罢了
鼠疫实验：将鼠疫杆菌注入试验者体内，观察其反应。这种方法也应用在了被日本军队在边境抓住的苏联战俘身上。开发落叶剂和细菌弹：其中最突出的“成果”是石井炸弹，美军后来在越南使用的菠萝弹也是该弹的改进型。石井炸弹为陶瓷外壳，内装携细菌的跳瘙。石井四郎还有一项发明是石井滤水器。以解决士兵在野外作战的污水处理为饮水的问题，算是731部队唯一有用处的发明了。
无麻醉拔牙：目的是测试伤员在未麻醉的请况下是否可以忍受拔牙手术，实验结果是无人能够忍受，但如果已经严重松动的牙齿则另当别论。
人与马血互换：将身体强壮的人血液抽去大部，此时人全身痉挛，几名军医都无法完全按住。立即输入马匹血液，并观察人的表现，结果身体排异新明显，人全部死亡。
病菌对胎儿的影响：让女人怀孕后感染病菌，待胎儿成形后进行活体解剖，观察胎儿的状态。
人畜杂交：强迫女人与马匹或狼青交配，研究所谓劣等民族的优化办法。
人体四肢互换：将两个人分别截肢后通过手术互换四肢，如果试验成功则对于恢复伤残日军士兵的战斗力有极大意义，但试验失败，因为接上的四肢并没有恢复生命的迹象。
其他人体试验：人类所能想到的各种惨无人道的试验，尤其是那些可用于大量杀伤敌人，医治自己人的项目，731部队的官兵们竭尽所能都做过了。因为他们清楚，这些试验在和平时期是不可想象的，但为了天皇的所谓圣战，他们并没有任何罪恶感，唯一让他们感到不忍的是那些动物们(比如;白鼠)。战后，他们为那些动物树立了一块纪念碑。那些惨死的数万名罹难者甚至连骨灰都没有留下，他们的待遇连动物都不如。
