第一、新疆和外蒙古，都有中国边疆地区常有的民族与宗教问题，但二者之间有明显区别。
A、简而言之，新疆是多个少数民族的聚居区，大部分维族主要集中在天山南的南疆，哈萨克族在北疆，此外还有塔吉克、乌兹别克、蒙古族等分布在新疆各个地域。这种多个少数民族共存的状态，其实是让他们之间互相制衡。 在新疆同一个少数民族内部，还有不同部落派系，比如都是维族，北疆哈密的回王就是一贯心向中央的、政治态度特别可靠(乾隆年间，清军征服南疆时，就是从哈密回王贵族中挑选人选，派遣到南疆维族地区，出任当地伯克长官)。
同理，新疆的蒙古族也分成新、旧土尔扈特、厄鲁特、和硕特、唐努乌梁海—图瓦等好几支。 这种状态，就确保新疆没有哪个少数民族能一枝独大。 类似的，新疆少数民族地区的宗教信仰也一样，既有伊斯兰教、也有藏传佛教。伊斯兰教内部又分好几支教派。
B、但是外蒙古完全不同 外蒙古的蒙古族，90%以上是漠北喀尔喀。喀尔喀四部为左翼车臣汗、土谢图汗，右翼塞音诺颜、札萨克图汗。这就是清代的“漠北蒙古四部”，他们又占据了当时外蒙古接近80%的领土地域。
而且，蒙古族无论漠南、漠北和漠西的各个部族，还是如今依然在俄罗斯伏尔加河下游的卡尔梅克人，他们都信奉藏传佛教(黄教)，这又导致黄教在外蒙古占据绝对优势的宗教影响力。 藏传佛教有四大活佛，分别为藏区达赖、班禅，内蒙章嘉呼图克图、外蒙哲布尊丹巴呼图克图。而藏传佛教的特征又是政教统一，宗教干预政治是常事。高度单一的民族结构+高度统一的宗教信仰，就使外蒙古象西藏一样，野蛮、封闭、内部极端抱团，外界很难擦手。
二、清朝中央政府对新疆、外蒙古的军事政治势力有天壤之别。 要想强化在边疆地区的统治，一个好的办法，就是驻军。驻军能对地方势力和外国势力形成最有效的政治威慑。 众所周知，清朝把外蒙古、新疆归入版图，主要是源于康熙时代的开始、到乾隆中期结束，前后持续70余年之久的清准战争。
还是在关外的皇太极时期，清朝已经基本控制了漠南蒙古，废掉了察哈尔汗账，由清朝皇帝出任全蒙古大汗(清朝皇帝有双元身份，一是“清朝皇帝”，二是“蒙古大汗”)。漠北三部选择向清朝称臣入贡(当时还没有赛音诺颜部)，名义上承认清帝的大汗地位，建立起松散的宗藩羁縻关系。
康熙年间，准噶尔贵族噶尔丹东侵喀尔喀，把漠北三部打的大败。后者与第二世哲布尊丹巴狼狈逃窜到内蒙古，请求清军救援。 这既是北疆危机，也给清朝直接控制漠北蒙古提供了好机会。通过乌兰布通和北征昭莫多等几场大战，清军击败噶尔丹，同时也控制了漠北三部贵族。清朝自然也要趁机对漠北喀尔喀贵族和喇嘛集团加以限制：不许哲布尊丹巴再干预政务;派遣驻库轮办事大臣，对哲佛和贵族加以监控;从势力最强的左翼土谢图汗中划出赛音诺颜部，归入右翼，将漠北三部变成四部;从漠北四部的幼年贵族子弟中挑选人选，送到北京“内廷教养”，从小对他们加以亲满、汉化教育，成年后再与爱新觉罗皇族女子婚配…… 总之，为了分化、控制漠北喀尔喀，清朝采取了很多手段，总体而言，收效还算不错。
北路清军中有满洲八旗、包衣汉军、绿营，从内蒙古各地调集的内蒙各盟旗蒙古兵，也有从外蒙喀尔喀各部中征调的“苏木(相当于满洲八旗中的“牛鲁”，即箭丁)”。这支清军除了要与准噶尔对峙、交战外，肯定也要对外蒙当地喀尔喀贵族形成威慑。 但是，在乾隆24~25年，清军彻底击败准噶尔，将新疆收入版图后，清廷认为没必要再在外蒙古维持过于庞大的军力，再加上外蒙古荒僻偏远，包括粮食在内的各种军备物资都要从内地调运，耗资巨大，对财政是极大的负担。
因此，在清准战争结束后，清朝裁撤掉北路清军。此举导致从乾隆朝中期开始，清朝在外蒙古严重缺少中央直属派驻的军事力量。库轮办事大臣手下只有几百人，乌里雅苏台将军手下也不过千余人。 仅仅1~2千人的兵力，却要威慑、守护超过160万平方公里的领地(当时包括唐努乌梁海地区)，这些驻军毫无意义。 相反，清军击败准噶尔后，却在新疆维持了一支还算可观的军事力量，即便经历过同治时期的阿古帕、白彦虎之祸，但左宗棠西征收复新疆后，又成功地重建了在当地的军事力量。 1911年辛亥革命爆发时，外蒙古王公贵族在俄国的撺掇下，宣布“独立”，此时清朝驻库轮办事大臣三多身边，仅有百余人的满汉亲随兵丁，仅能起到仪仗队和扈从的作用。
三、新疆与外蒙古的自然环境、交通状况、移民条件不同。 通过移民“实边”，鼓励内地汉族人口迁居边疆，不仅能缓解内地人多地少的矛盾，也可以改变边疆地区的民族比例，强化中央政府在当地的统治。
清朝很早就想到了这个办法。新疆地域广袤，同时有多种气候环境类型，沙漠、牧场、原始森林，高原，什么地形什么植被都有，新疆不仅有适合游牧民族的草原，还有大片适合农耕的地域，尤其是伊犁河谷，气候极佳。南北疆还有大片的棉田，种植棉花，直到现在都是新疆农业、尤其是建设兵团农业经济结构的重点大项目。新疆的土地与气候适合农业开发，这就给汉族移民在当地从事农耕生产提供了优质条件，有利于内地农业人口向新疆迁移。
但是外蒙古又一次完全不同，外蒙古境内主要是大戈壁、大草原和原始森林。夏季特别短暂，同时土壤偏沙化，缺少腐殖质，特别不利于农作物生长。从清朝康熙时，清军就在当地尝试屯田，但基本失败。知道十九世纪中晚期，土豆这种耐寒、速生、适合沙质土质的作物逐渐普及之后，在外蒙古的清军绿兵才在当地试种成功，且产量有限。 这个特点，就决定了很难向外蒙古迁移农业人口。
四、影响新疆与外蒙古的外部政治势力不同。 十九世纪中后期，在新疆，至少有清政府、印度的英国殖民政府、沙俄势力这三股政治势力，另外还可以算上一个土耳其。 四股势力互相较量，虽然看起很复杂，但势力越多，分化越明显，没有哪一家能当主角，互相之间必须妥协。从而导致英、俄两个帝国主义，都不能独吞新疆。 但是外蒙古， 又双叒叕不同了。
外蒙古是个封闭的内陆地域，他基本就是清朝和俄国两家对抗，俄国又是出了名的贪得无厌的北极熊。导致在晚清，俄国势力在外蒙古取得一强独大的效果。外蒙古宣布“独立”，煽风点火的唯一外国势力，就是俄国。 注：1911年底，外蒙古王公喇嘛集团宣布“独立”后，除俄国外，世界各国均不予承认。外蒙古“政府代总理兼外务部大臣”、塞音诺颜部末代部长杭达多尔济提出，既然“我国”已经独立，应该邀请世界各国向“我国”派遣外交公使团，在库轮设立大使馆。遭到俄国拒绝，俄国明确表示，外蒙古虽然“独立”，但不过是俄国势力下的“受保护国”。杭达多尔济因坚持主张，不久后被俄国毒杀。 1914年，一战爆发，俄国陷入战争泥潭，无力支配外蒙古。
1915年，在没有通知“外蒙古政府”的前提下，俄国与中国北洋袁世凯政府展开谈判并达成协议，北洋政府保证俄国在外蒙各种经济特权，俄国保证外蒙古撤回“独立”，承认中国为外蒙古的“名义宗主国”。 在过去的十年间，为了研究清代蒙古历史和藏传佛教这一领域，我把内外蒙古、卡尔梅克蒙古等都走访过了，甚至还得到大量清代蒙藏宗教关系的资料。
这样吧，在全文最后，我也说说我本人对今天外蒙古的看法： 我个人认为，本着务实的态度，我们今天没必要再强调要求外蒙古回归中国的领土主权要求了。 因为今天的外蒙古，依然是个封闭的内陆国，他被中、俄两国包围，第三方势力没法擦手。 中、俄两国的脸SE态度，决定了他的国运。只要中国国力不过分软弱，对俄国有政治、经济优势和必要的武力后盾，中国在对外蒙古问题上，就能随时掌握主动权。
堂堂正正的做个爱国者，是我们走到一起的根本原因。你、我、他，我们能够聚集在一起，传播正能量，我们自豪，我们骄傲!
