马燧生逢乱世，历经安史之乱和唐朝中后期的藩镇割据。在平定军阀叛乱战中立下了不世功勋，成为唐德宗时和李晟、浑瑊齐名的三大名将。
马燧是河南省郏县人，祖父、父亲都是唐朝官员。他仪表不凡，身高1.9米，沉着勇敢多智谋，博览各种书籍，尤其擅长兵法。年轻时和哥哥一起读书时，有一天扔下书本叹息说:"国家将有难了，英雄应立功于世，平定天下，怎能辛辛苦苦当儒生呢!"。就开始改学兵法谋略。
安史之乱爆发后，马燧追随泽潞节度使李抱玉从县尉做起，因功一再升迁。776年五月，汴州大将李灵耀反叛，占据州城，切断漕运，马燧和李忠臣一起打败李灵耀，收复汴州。779年，在马燧53岁时，升任河东节度使，成为一方诸侯。
781年，割据河北的魏博节度使田悦造反，率兵三万包围了邢州，自己到临洺，筑两重城墙，隔绝内外，阻挡救兵。邢州守将李洪、临洺守将张伾固守城池。唐代宗下诏命马燧率步、骑兵两万和昭义节度使李抱真、神策行营兵马使李晟会合援救临洺。
同年十一月，马燧的军队到达邯郸，田悦派使者来到马燧的军营，希望议和，马燧就杀了试着示众，并派兵击溃了田悦的一支部队，色死了将领成炫之。随后，马燧又杀死了田悦的大将杨朝光和卢子昌，斩首五千余级，活捉八百多人。田悦亲率全军来会战。马燧率接战，田悦军大败，斩首一万余级，活捉九百人，田悦连夜逃走，邢州之围解除。
782年正月，田悦向淄青、恒冀节度使求救，淄青节度使李纳派大将卫俊率军一万名救援田悦，恒冀节度使李惟岳也派兵三千名来救援。田悦召集被打散的士兵两万多人，在洹水筑堡垒，淄青军队驻扎在他的东边，恒冀军队驻扎在他的西边，互相呼应。马燧率各军进军驻扎在邺县，和增援的河阳节度使李秡兵汇合。
唐军驻扎在漳河边。田悦派将领王光进率兵守长桥，筑城墙固守，唐军不能过河。马燧就在下游将几百辆军车，用铁锁相连，横断河水，填上装土的口袋挡住水，水略微变浅了，各军都过了河。这时唐军粮少，田悦坚守不出战，想等唐军粮尽。马燧命各军带十天粮食，进驻仓口，和田悦隔洹水对峙。
李抱真和李秡问道:"粮食少却深入敌区，是为什么?"马燧说:"粮食少利于速战，兵法说要善于调动敌人，不受敌人摆布。现田悦和淄青、恒州三支军队互相呼应，用意是不出战，待我军粮尽，如分兵攻他们左、右军，军队少不一定能攻破，田悦还会来救援，这样前后都受敌。兵法说进攻敌人必救处，敌人一定会出战。我要让各军打败会合的敌军。"
马燧于是造三座桥过洹水，每天挑战，田悦不敢出战。恒州军因兵少，怕被马燧歼灭，移军与田悦会合。田悦认为马燧明天还会挑战，就埋伏一万军队，想伏击马燧。马燧就命各军都半夜吃饭，机叫前击鼓吹号，悄悄出兵沿洹水直奔魏州，发令说:"听到敌军追来，就停下来列阵。"又命一百名骑兵击鼓吹号，都留在后边，又准备柴草火种，等军队都走了，停止击鼓吹号躲在一边，看到田悦军都过了河，就把桥烧掉。唐军走了十几里路，田悦就带领淄青、恒州步、骑兵四万多人过桥跟随追来，顺风放火，击鼓呐喊前进。马燧就坐下，命令军队不动，派人除掉百步见方地上的草和荆棘列阵。
马燧走出阵前，召募有勇力的五千多人，分别排在前边，等待敌军来。等田悦兵到，火熄了人也直喘气，体力下降，马燧就出兵进攻他们，田悦军大败。当时神策、昭义、河阳军都略退却，河东军战胜后，各军回军战斗，合击又大败敌军，追到洹水边，田悦军逃到桥头，桥已烧掉。田悦军乱了，有的跳到水里，被杀头两万多颗，杀死了他的大将孙晋卿、安墨啜，活捉了三千多人，淹死的不计其数。淄青兵几乎死光了，死人相叠三十多里地。
田悦部下纷纷投降马燧。但是田悦又得到了军阀朱滔、王武俊军的救援，后又勾结李纳、李希烈，想颠覆唐朝，黄河南北混乱，盗贼横行，马燧等虽然效忠唐朝，最终没能平定叛乱。
后来马燧又平定河中军阀李怀光的叛乱。浑瑊从此佩服马燧，私下对部将说:"我曾认为马燧用兵和我差不多，但奇怪他能多次地打败田悦;现看他用兵判断，我比他差得远!"
贞元五年(789年)九月，马燧和太尉李晟在延英殿被接见，唐代宗嘉奖他们的大功，都在凌烟阁上画了像，列在开国元勋之后。
贞元十一年(795年)八月，马燧去世，享年七十岁。其墓今在郏县城南关，据说上世纪已被盗。
