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输卵管系膜囊肿很小是不需要治疗的，定期复查就可以了。如果输卵管系膜囊肿比较大，容易影响输卵管的蠕动或通畅，需要考虑在腹腔镜下或开腹手术治疗。
最好的手术方式是切开输卵管系膜囊肿表面的包膜，剥除囊肿后缝合包膜，缝合结束后需要做输卵管通畅检查，必要时需要手术后做输卵管通液治疗。
如果输卵管系膜囊肿导致输卵管堵塞，可以考虑行一侧输卵管切除。
