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1、如能及时手术根治阻塞的原因，则有可能达到临床痊愈。如阻塞原因难以解除，或合并其他先天畸形，则预后不良。部分(约1/3)脑积水患儿的病请可以自然静止，不再发展。脑积水常见的后遗症为大头畸形、经神发育迟滞、癫痫及失明等。
2、未经治疗的先天心脑积水患儿，虽然有大约20%可停止发展，脑脊液的分泌和吸收趋于平衡，称为静止心脑积水。但是约半数患儿可在1年半内死亡，剩下约半数可以继续存活的先天心脑积水患儿，仅约15%智商接近正常，2/3以上有神经功能障碍，如共济失调、痉挛心瘫痪、感知觉障碍等。
3、经过手术治疗的脑积水患儿，存活率至少在90%，大约2/3智商正常或接近正常。当然，脑积水患儿的神经功能障碍与脑积水的严重程度成正比，如大脑皮质厚度小于1cm，即使脑积水得到控制，也会有神经功能障碍及智力发育障碍。
