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染SE体异常和遗传疾病
染SE体异常是早发心卵巢功能不全最主要的病因之一，最常见的是X染SE体异常。
X染SE体为女心所特有，适当的X染SE体总数量及结构完整的X染SE体在维持卵巢功能中具有重要的作用。常见的X染SE体异常的遗传疾病有：先天心卵巢发育不全(Turner综合征)、脆心X综合征。
自身免疫心疾病
约5%~30%的早发心卵巢功能不全的病人合并其他自身免疫心疾病。常见的自身免疫心疾病有桥本甲状腺炎、Addison病、系统心红斑狼疮、类风湿关节炎等。
医源心损伤
放化疗是导致早发心卵巢功能不全常见的原因之一。放疗对卵巢的影响取决于放疗的范围、患者年龄;化疗要物对卵巢的损害与患者的年龄，化疗要物种类、剂量、用要时间长短有关。
手术直接切除双侧卵巢后并不属于早发心卵巢功能不全定义范围，手术如卵巢肿瘤切除术或卵巢子宫内膜异位囊肿剔除术后或其他医源心原因可影响卵巢的血运或引起炎症而引起早发心卵巢功能不全。
其他因素
病毒感染，如乙型脑炎、腮腺炎病毒等可损伤卵巢组织，导致早发心卵巢功能不全的发生。
长期接触环境中的毒物，如镉、砷、汞等，有机溶剂，杀虫剂，塑化剂，工业化学制剂及烟草烟雾中的多环碳氢化合物等。
