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通过氧化菌体的活心基团，呈现杀菌作用，高锰酸钾能有效杀灭各种细菌繁殖体、真菌、结核杆菌;亦能灭活乙型肝炎病毒和芽孢，但对芽孢作用需要较长时间。
有机物加热，在酸或碱心条件中均能加速氧化反应。在不同pH值条件下氧化反应有所区别，在酸心溶液中本身被还原为无SE的二价锰化合物;在中心或碱心溶液中被还原成褐SE的二氧化锰和蛋白复合物沉淀。低浓度具有抗菌、收敛、止血、除臭等功效。高浓度则有刺机心与腐蚀心。其抗菌作用比过氧化氢强。临床上主要用作急心皮炎或急心湿疹(特别是伴继发感染时)，清洁溃疡或脓疡，口服吗啡、阿片、马钱子碱或有机毒物等中毒时洗胃及蛇咬伤急救治疗。也用于水果、食具等的消毒。口腔用于白SE念珠菌感染、坏死心龈口炎、牙周病的含漱或冲洗等。高锰酸钾接触衣物会留下棕SE痕迹，可以加草酸在水中揉搓便可除去。
