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如果宝宝存在小头畸形，应该积极完善相关检查，包括认知功能、听力、视力等的检查，也可做染SE体检查，同时检查宝宝的头颅CT、核磁共振等了解宝宝病请严重程度，再决定处理方法。
小头畸形以手术治疗为主，目的在扩大颅腔，解除颅内高压，使受压的脑组织及颅神经得到发育和生长。其中有颅内压升高者，应尽早手术。对于单纯骨缝闭合过早的患儿，可采用神经外科手术疗法，能取得一定的疗效。另外，手术越早越好，出后六个月以内手术者预后较好，一旦出视神经萎缩和智能障碍，即使施行手术，功能已不易恢复。
