经过
专使到达北京之日，全城遍悬五SE国旗。
主要路口均搭起了彩牌楼，并大开中华门，请专使由中门而入。中华门是清代的“大清门”，平时关闭着中门，只有皇帝出入时才大开中门。袁世凯“开中门迎客”，可谓给专使以极高的礼遇。在欢迎专使的宴会上，袁世凯“诚恳”地表示：“一俟北京局势稳定，立即南下就职”。可是，二月二十九日晚六时，北京就发生了“兵变”。兵变的结果是商民遭抢劫者四千余家，京奉、京汉铁路局，大清、交通、直隶三银行以及制币厂亦遭劫掠，损失白银九百多万两。专使住所被洗劫一空，蔡元培等人避入东交民巷内的六国饭店，仅以身免。帝国主义国家驻华公使根据辛丑条约，纷纷调集军队进入北京保护使馆的“安全”，北京的政局大有内忧外患双临并至之势。于是商界人士吁请袁世凯“万勿南下”，北洋将领通电全国主张“大总统在北京就职”。在这种请况下，南京方面被迫让步，同意袁世凯于三月十日在北京就任临时大总统。
1912年2月29日(音历正月十二日)晚6时，第三镇兵团炮、淄两营因扣饷事溃变。变乱先由驻扎朝阳门(也叫齐化门)的第九标之炮队引起，随后驻于禄米仓的辎重队、帅府原煤炸胡同东城土地庙驻军纷纷与之呼应，起兵作乱。炮队先在朝阳门外为乱，而后炮击强行进入朝阳门，辎重队在城内与之配合，打开城门，两队汇合后向西行进，一路毁坏民居，劫掠无数。
当晚亥时初(21：00多)乱军至专使团居处，直言只索要财物，蔡元培等立即避去，衣物行李尽失，次日移居六国饭店中。下半夜西城、北城也发生烧乱，土匪和部分巡警加入抢劫。当晚袁世凯亲信并未阻止兵变，陆建章的执法处并无干预，掌管警政的赵秉钧当晚传令全城巡警一律撤岗。
各国驻华公使根据《辛丑条约》，纷纷调集军队进入北京保护使馆的安全，并威胁袁世凯如不尽快稳定局势就调集更多的兵力进入北京。兵变也蔓延到了保定和天津地区。
据唐绍仪回忆，蔡元培专使团当时在没有办法的请况下找他与袁世凯商讨。他到了袁世凯家，正好北洋军第三镇师长曹锟前来报告称“报告大总统，昨夜奉大总统密令，兵变之事，已办到矣。”袁世凯说：“胡说，滚出去!”唐绍仪的个人回忆是唯一的孤证，从而遭到质疑，南京国民政府军令部长的徐永昌在回忆录中称“正月十二第三镇在北京兵变，初非袁世凯所主使，有些人委称系袁世凯指使，以抗议南方代表要求迁都南京者，实乃诬传。”
事后统计，京奉、京汉铁路局，大清、交通、直隶三银行以及制币厂遭劫掠，商民遭抢劫者四千余家。
袁世凯称帝
“北京兵变”是在袁世凯经心策划和具体部署下进行的，“哗变”的部队是袁世凯的嫡系亲军北洋第三镇(师)。兵变的总体计划是“兵变”开始后，如果南京方面做出让步，“兵变”就嗄然而止。南京方面如果仍然坚持袁世凯必须南下就职，就把“兵变”扩大化。“变兵”进入紫禁城杀掉宣统和隆裕，然后宣称“兵变”系专使所指使。于是，清帝退位的诏书自然失效。袁世凯则拥立庆亲王奕劻之子载振为帝，联合北方的一切反动势力和南京临时政府相抗争。如果把革命镇压下去，袁世凯也就以大清再造者的身份“登台受禅”，变“大清国”为“大袁国”。袁世凯在登上总统宝座之前，就已经窥视皇帝的宝座了。
