人物评价
总评
王琼历事成化、弘治、正德、嘉靖四朝，历官“三孤”、“三辅”，他主治漕河，增强边备，又平定宁王朱宸濠之乱，立有殊勋。在他提督陕西三边军务时，亦被时人比作前辈名臣杨一清。后世甚至将其与于谦、张居正并称。
但王琼与同僚彭泽互相中伤，仕途中你进我退，几番更迭，因此得到了“险忮”的评价，为舆论所不许。
历代评价
李贽：夫满朝皆受宸濠贿赂，独晋溪与梁储亡有也。
杨廷和为首相，受宸濠贿，擅与护卫……呜呼!不贪宸濠之贿，而交于王守仁，使居上流擒濠。明知守仁不以一钱与人，不与一面相识，而故委心用之，何也?少具眼力者，自当了了。
李中馥：伎俩经于逢迎者，名利所由迫;心术工于阱陷者，事业何由隆?公名利之请最淡，事业之着无穷。何以逢迎于上，谋陷于下者乎?
黄道周：王琼大才，高坐堂上。盗贼纷攻，汹汹荡荡。调将遣兵，无一不当。敌寇山西，骄矜无状。奏集镇兵，伏击败丧。报反宁王.中外惊怅。琼曰无伤，久已有将。上游下攻，此时已创。亡何捷闻，方知非妄。但惜正人，往往遣谤。削职复官，有如风浪。
张廷玉：杨一清、王琼俱负才略，著绩边陲，有人轮鉴，锄间定难因以成功。亦俱任智数。然琼，其权谲之尤欤!
个人作品
王琼的著作有《晋溪本兵敷奏》、《西番事迹》、《北边事迹》、《晋溪奏议》、《漕河图志》、《掾曹名臣录》等。
