出仕秀吉
永禄三年(1560年)生于近江国坂田郡石田村(现滋贺县长滨市石田町)。幼名佐吉，是家中次子。石田氏是当地土豪，父亲正继作为地侍，与浅井家相同为京极氏的被官。
后世《三献茶》故事创作最初是近江国某寺院打杂的僧侣。天正二年(1574年)父兄成为长滨城城代羽柴秀吉的与力家臣。根据其息子记载，1577年首次以小姓身份前往御着城(姬路城)从军，跟随秀吉攻略中国地方，参与了备中高松城之战。
天正十年(1582年)6月、信长死于本能寺之变后羽柴秀吉掌握实权，三成作为秀吉心腹逐渐崭露头角。天正十一年(1583年)，在山崎之战中表现活跃。在贱岳之战担当先锋，监视柴田胜家的行动取得功绩。天正十二年(1584年)参加了小牧长久手之战。同年担任近江国蒲生郡的检地奉行。
公元1574年丰臣秀吉为长滨城主的时候，石田三成是15岁。当时三成为某寺院的童子，一天秀吉外出打猎，口渴至该寺喝茶，三成端上一大碗凉茶，秀吉一饮而尽。后又捧上半碗微热的茶，秀吉也喝了。接着三成又献上一小碗更热的茶，秀吉又喝了，于是问三成，为何如此，三成答道，由于大人劳累口渴的缘故，这第一杯茶自是解渴之用，于是用了大碗凉茶，第二杯是因为大人基本已经不再口渴，于是上了稍微温一点茶水，最后大人心也静了，口也不渴的时候，再上热茶，大人才会细细去品味这其中的味道。方丈斥责三成无礼，三成却从此深得秀吉的信任，成为秀吉的侍从。这个故事说明三成自幼就有聪敏的才智，他能机敏地察知秀吉的意向，言行合乎秀吉的心意。
飞黄腾达
公元1582年织田信长死后，秀吉讨伐信长的宿将越前的柴田胜家而进军近江，迫使柴田自杀。三成因参加这次北国征伐有功，得到了马一匹及白布50端(一端为3丈)。讨伐柴田成功以后，秀吉代替了信长的地位，1583年到大坂城，公元1585年任关白，叙从一位。那时三成也由从五位下治部少辅升至五奉行之一(其他是前田玄以、浅野长政、增田长盛、长束正家。五奉行是办理国政的最高机关)。天正十四年(1586)又兼任堺町的奉行。
南征北战
(1)讨伐九州
当时九州的豪族岛津氏势力很大，丰臣秀吉于天正十五年(公元1587年)以25万大军讨伐九州岛津氏。在讨伐战争中，三成发挥了很大的作用。
(2)讨伐小田原
秀吉降伏岛津氏以后便讨伐关东的北条氏，天正十八年(公元1590年)2月秀吉率军攻打北条氏的小田原城，三成为先锋，率领1500骑东下。4月包围小田原城，由三成攻占小田原城的卫星城——馆林城和忍城，使小田原城陷于孤立，北条氏父子被迫开城投降。
(3)讨伐奥州
丰臣秀吉为了统一日本，决定讨伐奥州的伊达政宗，派三成于公元1591年1月到相马，去瓦解伊达政宗的盟军，最后迫使伊达政宗议和。
侵略朝鲜
奥羽平定以后，国内军事行动告一段落。接着丰臣秀吉便想侵略朝鲜，在东松浦半岛的名护屋设立大本营，准备侵朝。文禄元年(公元1592年)3月13日侵朝军队158000人分九批渡海，4月12日先锋小西行长从釜山登陆。此时三成被任命为船奉行，在名护屋执行运送部队、粮食和武器的任务。5月3日小西行长、加藤清正等占领京城。不久秀吉便派三成到朝鲜去执行特殊任务——进攻中国(明朝)及各武将划分占领地区。
三成于1592年7月16日到达京城。1592年8月7日在京城召开作战会议，制定巩固京城、攻打平壤，以防备明军来授的作战方案。由于明朝李如松率领的援军及时赶到，小西行长被明军打败，退出平壤。又由于明朝主和派得势以及日本在“碧蹄馆之战”失败，两国开始和谈。1593年5月15日三成伴同明使沈惟敬、徐一贯等到达日本名护屋，谈判议和条件。
庆长元年(公元1596年)9月1日，明朝的正式议和使节杨方亨和沈惟敬一起到达大坂。秀吉接见明使一行，明使宣读国书。因国书中非但没有秀吉所提出的五项条件(明朝公主嫁给日本天皇，恢复勘合贸易，派遣一名朝鲜王子及大臣为人质到日本，朝鲜八道中的南四道割让给日本，各自归还俘虏)，而且封秀吉为日本国王，秀吉大怒，驱逐明使，谈判破裂。
庆长二年(公元1597年)2月21日秀吉以141500人的兵力再次侵朝。这次秀吉不到名护屋，在伏见指挥，所以三成也留在伏见(在大坂)辅佐秀吉。但公元1598年8月18日秀吉突然病死，由三成主持撤兵并与明朝议和。
拥立秀赖
当初丰臣秀吉无子，将其姊日秀与三好一路的儿子收为养子，他就是关白、左大臣丰臣秀次。但文禄二年(公元1593年)亲生儿子秀赖出生以后，对养子秀次的感请便开始冷淡起来，后悔将关白让给秀次。于是产生了一股谣传，说秀次对秀吉抱有异图。因此石田三成奉秀吉之命于文禄四年(公元1595年)7月赴聚乐第会见秀次，探听事请真相，并到处收集秀次反叛的材料。结果秀次切腹自杀，其妻妾20多人也惨遭杀害。这就是所谓“策谋事件”。因此三成得到江北194000石的领地，被封为佐和山城城主，但遭到浅野长政等大名的怀恨。公元1595年秀次自杀以后，秀赖成了秀吉的继承人。然而秀赖年幼，为考虑到将来，秀吉让五大老(德川家康、前田利家、MAO利辉元、宇喜多秀家、小早川隆景 小早川隆景死后，由上杉景胜(会津120万石)递补大老职)、五奉行(前田玄以、浅野长政、增田长盛、长束正家、石田三成)两次立誓效忠。特别身为五奉行之一的三成，对主人秀吉格外忠心，誓死辅佐秀赖。
关原合战
丰臣秀吉死后，部下便出现不和，福岛正则、加藤清正、加藤嘉明，黑田长政，细川忠兴，池田辉政，浅野幸长等七名武将要杀三成。后来三成听了德川家康的劝告，引退佐和山城。石田三成回到佐和山城以后，德川家康便背约进入伏见城，并和诸大名私下结党进行施诈反叛。此时引退在佐和山城的石田三成决定乘家康到会津讨伐上杉景胜的机会起兵，以MAO利辉元为盟主，联合关西诸侯，总兵力为92700人，攻打伏见城和田边城，一时势力大盛，并迅速攻陷了大坂以东的伏见城，城主鸟居元忠切腹自尽。
德川家康其实早有预料，故意假装远征会津，半路折返率军迎战，东西两军于庆长5年(1600年)9月15日上午8点至下午2点半在大垣的西北关原(美浓平原的西北部)展开一场大会战，史称“关原合战”。关键时刻，家康三子秀忠的2万大军被真田家拖住，使得东军一度陷入被动，但是在诸如福岛正则、德川四天王的勇猛下，西军逐落下风，最后小早川秀秋的倒戈更是给了西军致命一击。结果是德川家康的东军胜利，石田三成的西军失败。接着家康又攻下石田的根据地佐和山城，西军的据点大垣城的守将秋月种长开城投降。
佐和山城陷落的那天，德川家康就派遣田中吉政搜查石田三成，并下令以重赏通缉石田三成，凡隐藏不报者，不仅自身，全族及当地都要受处罚。
大势已去
关原之战失败以后，石田三成逃往伊吹山，打算在此暂且栖身，伺机潜入大坂再度举兵。他逃出关原的时候有许多随从人员，为避人耳目，让他们离开伊吹山。只有渡边勘平、矾野平三郎、盐野清介三人决定留下，和三成一起经近江浅井郡的草野谷，逃到大谷山。最后连这三人也让他们离开，约定将来在大坂见面，单身翻山越岭进入伊香郡，投身于古桥村法华寺的三珠院。后来被村民发现，不得不离开三珠院，在当地农民与次郎太夫的庇护下，躲在附近的山洞里。
然而此事被当地的一名地主知道了，劝告与次郎太夫将石田三成交出，引渡给田中吉政。与次郎太夫大惊，立即告知石田三成乘早逃走。但此时三成因为在逃亡过程中吃了大量的生米，此时已下痢倒在山洞里，又无食物，自知命该断绝，力劝与次郎太夫报告田中吉政。结果三成被捕，引渡给吉政。吉政自幼和三成很亲密，同请三成的遭遇，十分照顾他，给他食物吃，还替他治病。后来三成被送到大津的家康的军营，在营门口黑田长政看到他，立即下马向他道歉，并TUO下自己的衣服，给他换去身上的脏衣。家康以厚礼接见，还把他当作194000石的诸侯看待。
三成被捕后，和三成一起举兵的小西行长、安国寺惠琼也先后被捕，他们和三成一同送到大坂，三人戴着枷锁在大坂和堺町游街，然后押到京都，交给奥平信昌收监。
惨遭刑罚
10月1日，三成、惠琼和行长各乘一辆囚车从信昌的宅邸押到六条河原的刑场。在刑场上，人们为三人念佛，石田三成拒绝，态度和平常一样镇静，毫无畏惧。据说在行刑之前三成想要喝水。但他们发现刑场附近没有水井，只有柿子。当别人要给他柿子吃时却被三成委婉的拒绝了，他说吃柿子容易生痰，在场的其他人都在嘲笑他，要死的人还怕生痰，三成慷慨道：“胸怀大志之人，即便濒死，也一如既往珍惜自己的新命。”
藉此，三成临死前也捍卫了自己的气节。三成被斩首以后，他的首级和惠琼、行长、自杀的长束正家的首级被一起挂在三条桥示众。三成的遗体被大德寺的圆鉴国师收去，葬在大德寺的三玄院里。真正忠于丰臣家的一批大名从此没落，而德川家康不久后就取丰臣家而代之，这估计是当时对关原大战袖手旁观的丰臣家所始料未及的。
