明崇祯十七年，李自成起义军攻入北京，明崇祯帝自杀殉国，太子及二王不知所踪。
虽然北中国在崇祯年间烽火连天，灾荒连年，满清不时入寇，但是以江南为代表的南中国，却并未遭受连年的战火，加上明代的轻工商税和江南士大夫以免税、抗税为己任的作为，江南确是一片繁华。谁来主宰这半壁江山?是作为陪都的南京众大臣必须做出的一个选择。
按照封建社会的继承法“父死子继，兄终弟及”“立嫡以长不以贤，立子以贵不以长”，崇祯帝亡，太子应继位;太子不在，应是其他皇子继位。崇祯帝的太子和二王子均沦落北方不知所终，立子不行;那么，立皇帝的侄子(嘉靖皇帝就是以弘治皇帝的侄子身份过继给弘治皇帝才继承皇位，虽然，他一直不认可侄子过继的身份，才闹出了“大礼议”)，不巧的是崇祯皇帝没有亲侄子，唯一的哥哥天启皇帝没有儿子，皇帝的位子才在十七年前落到了他的头上;那么，该立皇帝的亲兄弟，然而崇祯帝是泰昌皇帝的儿子，仅有一位哥哥，也就是天启皇帝，已经亡故;那么，立皇帝的堂兄弟，还真有一个，这个人就是福王朱由崧，老福王朱常洵的儿子。
需要指出的是，这样一来帝位又重新回到万历皇帝那里，是这样一个逻辑：崇祯帝无子(至少在当时的南京无子)，按照“兄终弟及”的原则，应该是崇祯帝的亲兄弟;崇祯帝无亲兄弟，自然当是崇祯帝的堂兄弟，也就是万历皇帝的其他孙子。
当时，万历皇帝的还有好几个儿子在世(其中就有后来永历皇帝的父亲桂王朱常瀛)，但是叔叔从侄子处继承皇位，毕竟不如“兄终弟及”来得名正言顺。
后世一直认为是贤王的潞王朱常淓，其实是万历皇帝的侄子，万历皇帝弟弟的儿子。根据封建社会的继承法，根本不可能轮到他。后世如是认为，只能是东林党人的舆论战的结果了。在万历皇帝一系尚有儿子的请况下，比如桂王朱常瀛、惠王朱常润当时均在世，要迎立璐王朱常淓为皇帝，也真是难为东林党人能想的出计策了。
东林党人作为明末最为凶悍的士大夫朋党，一向以捍卫国家正统为事业，他们不立朱由崧的根本原因却还是因为党争。万历年间，万历皇帝为立三子福王朱常洵为太子和东林党人开始了长达二十年的论战与斗争，东林党人前赴后继，均为长子朱常洛而冒死呼喊。万历皇帝无奈，只好加封朱常洵为福王，封地洛阳。现在的人还有很多认为这是万历皇帝爱朱常洵的表现，加封福王，封地洛阳。其实这是一个误解。明代的洛阳其实一个县城，不再是东汉、隋唐时代的大都市，但是洛阳名声在外，加上东林党人的恶意抹黑，成就了“神宗皇帝爱子，倾天下财富之半与之”。我国现存的城墙多是明城墙，去过洛阳的人都知道，如果以城墙为界，洛阳比西安、比开封差多了，也小多了。如果万历皇帝真不顾祖宗制度地爱福王朱常洵，就应该把周王、秦王迁走，让福王封地西安或者开封，城墙高大坚固、城内巨大，封地富庶。明末，李自成攻击开封，也是数次才得以攻克，而洛阳则是一击就破，可见，万历皇帝并没有特别爱护这个儿子。
如果东林党人同意迎立福王朱由崧，就等于几十年前的努力全部白费，这还不是最重要的;最重要的是东林党人害怕福王朱由崧反攻倒算，重新清算几十年前的旧账，凡是打击过他爸爸老福王朱常洵，害得朱常洵被李自成虐杀的东林党人都该清算。
东林党人也知道福王朱由崧的合法新，所以他们害怕随着时间的推移，力量的天平会向福王倾斜，所以不顾桂王朱常瀛、惠王朱常润在世的请况下，不顾福王朱由崧近在咫尺的请况下，主张迎立璐王朱常淓。
南京兵部尚书史可法作为南京城内最有实权的大臣，这时候就没有表现出政治家的修为，他和凤阳巡抚马士英商议，也是打算听从东林党人的意见，迎立璐王。“神宗皇帝在位四十八年，德泽犹系人心，奈何舍其孙而立其侄?”这样就是不按照封建社会的祖宗成法办事，那么，任何对此事有异议的人就有了活动的空间。福王朱由崧听闻后，立即游说江北四镇的总兵级别的军官，要求他们按照国家法令、按照祖宗成法拥立自己。四镇总兵级别的军官将此事汇报给直接上级马士英，马士英过江一经点拨，就发现这里面有巨大的机遇，于是起兵拥立福王向南京进发。南京众大臣一看，立即明白自己第一不占理、第二没有兵，只能开门迎接福王监国，福王监国不过十日，继位为弘光皇帝，史称南明。
本来，在有明一代，总兵级军官，都是巡抚、都督、督师等手下的一枚棋子，现在有了拥立之功，逐渐形成尾大不掉之势。崇祯朝，基本没有出现过总兵不听调遣的先例;弘光朝，因为总兵级军官的拥立之功，这种请况逐渐抬头。武昌的左良玉因为没有拥立之功，就对弘光皇帝表示不满，但也不敢公开挑战弘光皇帝的帝位正统新，直到南京“太子案”的爆发，他才借机发难，引发南明的内战。
按照封建社会的法统，弘光皇帝最具正统新。加上明朝的两京制，在南京有一整套的中央政府机构，东南财税也丰厚，弘光皇帝如果没有南京“太子案”的叨扰，肯定能稳住阵脚，和宋高宗重建宋朝一样让明朝在南方延续一百年以上。可惜天不假年，偏偏就出现了这么一个自称是太子的年轻人。
弘光皇帝的帝位很正统，除非崇祯皇帝的太子或者二王来到南京。弘光元年，有一名少年，在苏杭一代以太子自居，招摇过市，人们纷纷议论，这人就是太子。弘光皇帝得知后不敢怠慢，命人将其带到南京，让崇祯朝的太师进行辨认。太师因为给太子授课，肯定是认识太子的，一看这个人就是假冒，又问讲课的地点，课桌上的摆件，亡国前的最后一课。这个肯定没法编造，这人立马就招认是假太子。
然而这个假太子却成了东林党人攻击弘光皇帝的武器。东林党人到处宣传，弘光皇帝贪恋帝位，谋害太子，并唆使左良玉出兵讨逆。左良玉作为明末镇压农民军的将领，所有的上级都被崇祯皇帝调走或者定罪捕杀，要说真心相信南京监狱里的年轻人就是太子，而为崇祯皇帝一系讨公道那是不可能的，不满弘光皇帝的分赃不均，谋求更大更多的政治权力才是真的。于是不顾满清陈兵江北的请况下，从武昌挥师东进，迫使南明把江北的兵力调到西面抵御左良玉。造成江北空虚，清军迅速攻破扬州，杀害史可法，并进攻南京。
弘光皇帝这时候学起了宋高宗，不坚守南京城，却连夜弃城而逃，可惜没有忠心的将领护送。很快被下属出卖，被清军俘虏。弘光朝灭亡。
