清仁宗嘉庆元年正月初七(1796年2月15日)，此时距离嘉庆帝登基仅有6天，宜都、枝江一带的白莲教教众首先起事。三月初十，襄阳女子王聪儿、姚之富等人起事，成为各支白莲教军队的主力，在湖北、四川、河南、陕西各省游动作战，史称“川楚教乱”。嘉庆为了平定这场叛乱历时9年，花费2亿两白银，直接导致了清王朝的衰落。
历朝统治者将白莲教称为邪教，这个观点得到不少认同，如有文章称，白莲教在元末形成后，比较正规意义上的邪教开始涌现，但是白莲教始终没有形成一个完整的宗教组织。后世种种秘密教门、邪教虽多以白莲教之名起事，却很难辨清它们之间的传承关系，白莲教实际成长为了一种邪教信仰系统，或曰一种反社会、反政府的现象。
这种观点在电影《黄飞鸿之男儿当自强》中得到了集中体现。剧中出现的就是白莲教，教徒借助国人的民族主义请绪和落后愚昧，烧教堂、拆铁路、砸使馆、抢码头，杀害无辜的洋人，甚至连学习洋文的中国学生也不放过。不过比起白莲教，这些教徒的所为更像是义和团。
真正的白莲教确实如上文所言，很难辨别白莲教与各种邪教的关系，然而如果认为其是一种反社会、反政府的邪教，则是与今天的邪教混为一谈。
追本溯源的话，白莲教的历史最早见于南宋，其萌芽于佛教异端白莲宗，白莲宗由南宋茅子元创立，所奉为慧远发端的弥陀净土信仰。
南宋初年，吴郡沙门子元(俗姓茅，一般作茅子元)，他适应下层群众的信仰需要，创立了净业团体白莲忏堂，其传教对象主要是下层民众。白莲宗的教义实际上是糅合了净土宗、禅宗适合民众口味的成分。和正统佛教相比，白莲教对于修习的要求更低、修习的回报更高，因此对于底层人民的吸引力比传统佛教更强。 最关键的是，白莲教授予了信徒在家修行、传道、化缘的权力，严重威胁了传统佛寺的经济来源。这与欧洲新教宣称不需要教会，人们自己就能够和神交流类似。
当然，与天主教会打压新教一样，白莲教也遭到了佛门正统的攻击，如《佛祖统纪》的作者志磐直接指称为“邪教”，他说：“(白莲宗)谨葱Ru、不杀、不饮酒，号白莲莱。受其邪教者谓之传道，与之通Y者，谓之佛法。相见傲僧慢人，无所不至。愚夫愚妇，转相诳有，聚落田里，皆乐其妄。”释宗鉴更是认为，白莲宗与摩尼教、白云宗三者“皆假名佛教以诳愚俗……愚民无知，皆乐趋之，故其党不劝而自盛。甚至第宅姬妾，为魔女所有，入其众中，以修忏念佛为名，而实通间秽，有识士夫，宜加禁止”。
然而正如新教适应了当时欧洲很多教众的需求一样，白莲教因为其修行方式简单易行同样吸引着为数不少的信徒。而其将教义解释权还给了信众，自然会有层出不穷的“异端”。
不过仅仅如此的话，在宗教势力从未坐大的中国，白莲教是不可能威胁到封建统治者的。王朝统治者之所以将白莲教视为必须取缔的邪教，主要因为其吸收了弥勒教的教义，相信弥勒佛会接过如来佛的衣钵，进入人间拯救劳苦百姓。
到了明朝中晚期，白莲教已经吸收了不少宗教的教义，弥勒佛救世的故事也有了新的版本：无生老母是世界的创造者，是俗世人们的母亲。
人间到了一塌糊涂的时候，无生老母就会派遣自己手下的大将弥勒佛/不动明王下凡来拯救万民，赶走黑暗的统治者。
无论教义如何变化，拯救黎民于水火之中是白莲教永恒不变的话题，这使得它自带造反属新，而且它拥有强大的结社能力，是元、明、清三代农民起义的核心组织，自然成为统治者的眼中钉。
明清两代对邪教——也就是白莲教的打击是极其严厉的，统治者若不能看到白莲教起义为何如雨后春笋般不断涌现，只行取缔之事，禁绝邪教就是个永远完不成的任务。在百姓流离失所，哀鸿遍野的惨状遍布华夏大地时，以白莲教为名的起义也就为时不远了。
值得一提的是，在嘉庆镇压了川楚教乱后，时隔10年的嘉庆十八年秋天，白莲教的另一个分支天理教惊险地攻入京城，由内应太监领入故宫、冲进养心殿，并衣对储秀宫不利。最后虚惊一场，起义很快被平叛，白莲教——这个被历代统治者称为邪教的民间宗教基本从历史中消失。
不过，既然嘉庆并没有改变清朝衰落的轨迹，37年后，打着“天下一家，共享太平”的拜上帝会代替白莲教席卷而来。
