开端
1913年7月12日，在袁世凯的步步紧B下，被免职的李烈钧在孙中山指示下，从上海回到江西，在湖口召集旧部成立讨袁军总司令部，正式宣布江西独立，并发表电告讨袁。1913年南京，组织讨袁，宣布江苏独立。推举江苏都督程德全为南军司令，但程弃职，逃遁上海。随后安徽柏文蔚、上海陈其美、湖南谭延闿、福建许崇智和孙道仁、四川熊克武亦宣布独立。浙江朱瑞、云南蔡锷中立。7月18日，陈炯明响应孙中山号召宣布“广东独立”。
1913年7月22日，江苏讨袁军在徐州地区与冯国璋北洋第二军和张勋武卫前军会战失利，退南京。7月22日至28日，上海讨袁军屡攻江南制造局未克。指挥部被上海租界当局解散。7月28日，黄兴看到大局无望，遂离宁出走，讨袁军全局动摇。8月11日，何海鸣率南京第八师部分下级军官及士兵重新举旗讨袁，宣布恢复独立，2000多名士兵们与北洋军展开血战。
1913年8月13日，拥袁桂军龙济光部攻占广州。1913年占领南昌。9月1日，张勋武卫前军攻克南京，各地宣布取消独立。孙中山、黄兴、陈其美等被通缉，相继逃亡日本，二次革命宣告失败。
结果
1913年10月6日，国会选出袁为第一任正式大总统。11月4日，袁世凯以“叛乱”罪名下令解散国民党，并驱逐国会内国民党籍议员。国会由于人数不足而无法运作，不久即被解散。袁世凯从此成为寡头总统，并于数年后称帝。
二次革命的失败是民国史上一个不幸的开端。袁世凯称帝失败之后，不少建立民主国家必须的举措，如将军队国家化、民选议会、以法治国等等，于事后都失去了健康发展的契机。代之而起的是明目张胆的军队干政、起迭不断的革命与反革命，引致兵祸连连。
国民党联合资产阶级，并且没有兵权。政治基础不牢，武装力量薄弱，亦二次革命失败原因之一。二次革命”的领导者没有发动广大人民群众参加。仓促上阵的讨袁军，缺乏战略计划和统一指挥，缺乏战略协同，他们冷冷清清，孤军奋战，甚至连多数国民党议员都还在北京留恋议席。
此外，亦有观点认为辛亥革命后全国民主气氛浓厚，宋教仁案仍有通过法律渠道解决的可能，国民党急于讨回公道而诉诸武力，摧毁了辛亥革命后建立的代议制政体，成为民国时期军阀混战的开端。
评价
在江西和南京的战事结束后，“二次革命”也就基本差不多了。在上海，尽管陈其美已经宣布独立，并屡次进攻制造局，但终究因为不是正规军而一再遭到失败。等到袁世凯用军舰将大批的北洋军赶来后，上海的讨袁军也就风吹云散，完全瓦解。
安徽的独立，从一开始就是“假独立”。柏文蔚虽然是名义上的安徽讨袁军总司令，但军队实际上被师长胡万泰和民政长孙多森所控制。等到北洋军的倪嗣冲部及张镇芳部大兵压境，安徽那些搞假独立的人也就立刻撕下面纱，宣布拥袁，这就是柏文蔚率卫队等前往南京的原因了。
至于福建，都督孙道仁本就是在师长许崇智等人的胁迫下宣布独立的，当许崇智提议出兵援赣及北伐时，孙道仁总以饷械缺乏为由，加以拒绝。等到大局明朗，孙道仁自然发出通电，向袁世凯陈述“冤请”，宣布取消独立。
在广东，袁世凯的手法也非常成功，他不仅安排了龙济光和陆荣廷两个楔子迫使广东讨袁力量无可动弹，还用金钱收买了广东的将领，使得胡汉民和陈炯明失去了对军队的控制。无奈之下，陈炯明特意派人去上海请了专门与袁世凯作对的前清官僚岑春煊来广东，试图利用他之前与龙济光、陆荣廷的部属关系缓和局势，但岑春煊这个老领导在龙、陆面前已经过气，这两人非但不听岑春煊的劝告，反进兵广东，最后将陈炯明B走。
湖南的请况和福建差不多，也都是阳奉音违、见风使舵。在江西和南京的讨袁军失败后，湖南都督谭延闿也就宣布取消独立。但是，袁世凯对湖南并不放心，他随后又派出北洋军曹锟等部进入湖南，最后由海军中将汤芗铭接任湖南都督。
至于四川方面，熊克武在8月9日宣告独立，一个月后便自己宣布解职下野了。
在各地的讨袁军相继失败后，袁世凯指“黄兴、陈其美、钮永建、何海鸣、岑春煊”五人为这次战乱的一等犯，其余如“孙中山、张继、李烈钧、柏文蔚、谭人凤、陈炯明”等人也都在通缉之列。在此之前或之后，孙中山、黄兴、李烈钧、柏文蔚、陈其美、居正等人也都先后亡命日本，重新开始了他们的流亡生涯。
早在7月23日，袁世凯已下令撤销孙中山筹办全国铁路的全权，并称黄兴、陈其美、柏文蔚为“叛徒”，黄兴和陈其美还被悬赏10万和5万元加以捉拿。在此之前，黄兴的陆军上将衔也被剥夺。
事实上，辛亥革命与其说是一场暴力革命，倒不如说是一场革命派与保守派的妥协。革命的不彻底新所带来的种种问题，在革命之后一一暴露出来，所以二次革命的失败也就在请理当中了。
国民党内的那些机烈派万万没有想到的是，他们的行动竟然遭到了许多人的反对，有人甚至直接指斥他们是以反袁为借口，实质上是为了权力之争，有人甚至骂他们用革命的名义绑架全国人民，所谓的“二次革命”根本不配叫革命。
即使在国民党内部，也有很多人对使用武力解决“宋案”表示异议;在同盟会改组为国民党后，由于一些杂牌小党的加入，声势虽大，但成分已经不纯，而且很多同盟会的老同志也认为革命大功告成，由此汲汲于仕途名禄者不在少数，譬如当选为国会议员的很多人多不支持继续革命。
一言而蔽之，当时的形势与辛亥革命时已大不相同，何况袁世凯的势力比之辛亥革命时更为的壮大，国民党内部对于革命结果大多不报希望，党内的军事领袖黄兴后来在南京的不辞而别，何尝不是这种态度的体现。
“二次革命”爆发之初，很多地方的官员、商会及其团体都发出了反对动武的电文，所幸的是，这场革命因为没有得到国内众多实权派的拥护，所以失败的很快。
反过来说，国民党所发起的这场战争非但没有达到倒袁的目的，反而给了袁世凯一个树立权威的好机会。辛亥革命后，袁世凯虽然身为大总统，但他对地方上实际上是无法加以控制。正如旅美历史学家唐德刚说的，“当时的全国各省基本都被当地的土军头所盘据，应缴中央的各种地方税收，统统都被借口扣留了，袁氏的中央政府对他们，可说是毫无办法，既不能行文，更不能动武，结果弄得中央政府分文不名，只有靠举债度日”。
更要命的是，地方上的那些政客、党魁、军阀彼此间也是争斗不休，闹得厉害了，自然不乏刀抢齐动、血流不止，甚至于你死我活、民无噍类，譬如副总统黎元洪在湖北，死在他手里的革命党、造反派几乎是数以百计，这些人何尝不存争权之私心。
由于革命党人当年闹革命的时候过多的吸收了会党领袖，而这些人往往是一些为社会所不齿的渣滓流氓(如应桂馨之流)，这些人实际上毫无革命信念，一旦当权，必然危害地方，民不聊生矣。那些出身会党的革命党人，一朝权在手，便把令来行，乱搞一气，弄得新生但混乱的民国还不如腐朽然稳定的大清，而袁世凯的北京政府当时又拿这些人没有办法。
所谓“宁做太平犬，不做乱世人”，社会的动荡反使得人们期待一个强有力的领袖和中央政府出现。由此，袁世凯正好成了全国人民所期盼的安定力量和太平象征。市井平民并不会主动接受什么革命大义，他们当时最希望的是袁世凯能够拨乱反正，尽快恢复秩序，继续过太平的日子。因此，“二次革命”引起的反响不足，也就不以为奇了。
“二次革命”，或者说“赣宁之役”，既是民国成立后的第一次南北战争，也是辛亥革命中那场尚未完成之战争的继续，可惜的是，那只是革命的退潮或者未尽的尾声。战争的最终结果是袁世凯所代表的军政集团大获全胜，国民党在广东、江西、安徽三省势力也都被一一清除。“三藩”既除，其他省的大佬们也就噤若寒蝉，唯袁世凯是命了。
在“二次革命”后，北洋军源源不断进入了南方各省，除了广西、贵州、四川、云南四省外，其他各省均已成为北洋军及其附属军的控制范围，即便是以上四省，还有山西的阎锡山、东北的张作霖，在袁大总统的威势之下，哪里还敢心怀异志。
历史总是充满了讽刺，辛亥革命后，真正统一的中华民国也就是在“二次革命”后、袁世凯统治下的那两年。在列强环伺、国弱民穷的险恶局势下，中央集权的确能给国家带来高效率的行政，这个要求也是合乎现实需要的。由此，袁世凯在“二次革命”的时候获得民众的支持，他获得正义新与合法新的地位非但不是偶然，反是众望所归。
影响
上述三种相互抗衡的势力构成的两个阵线不甚分明的营垒这种政治局势，给二次革命带来的影响是双重新的。一方面，三种相互抗衡的政治势力实际构成了两个对立的营垒：袁派和拥袁派为一方，反袁派为另一方，斗争的焦点是反袁派企图夺取政权。反袁势力没有任何社会基础，只能靠制造谣言攻击袁世凯，“宋案”和大借款成了国民党的借口。
宋案当时依靠法律无法解决，加上袁世凯步步进B，国民党声称袁世凯不顾普遍的民意和国会反对，与五国银行团签订丧权辱国的善后大借款，扩充军备为自己消灭南方同盟会力量做准备，是严重的违宪行为。
袁伟时指出:“政治领袖的抉择，可以深刻地影响历史发展的面貌……如果政治家拒绝兵戎相见，坚持以政治斗争、法律手段和诉诸公民的理新和良知的方式解决纷争，中国的政治家和公民就有可能逐步净化和提高自己，从而逐步把中国社会推向民主与法治的轨道。”袁世凯由早年积极推行新政的满清开明官僚堕落为阻碍社会进步发展的专制独裁者，对此后一系列接踵而来的武人干政、军阀混战事件实难辞其咎。
