经多方查证，文史工作者于1993年6月4日在福清东张镇少林村找到了南少林遗址，引起国内外广泛关注。经国家文物局批准，福建省博物馆和福州市考古队从当年7月起对南少林遗址进行考古发掘，发掘面积达5945平方米，是新中国成立后至当年全国寺院遗址中面积最大的一次发掘。
经过发掘，陶器、瓷器、石器和建筑材料等200多件获出土。这些陶器、瓷器留有“少林院”、“少林院用”、“少林”、“少林常住”等墨书文字。此外，还在少林寺遗址周围发现了3座烧制砖瓦用的窑址，窑址遗留的砖瓦片与少林寺遗址挖掘出来的砖瓦相同。这些文物的发掘佐证了“南少林寺在福清”的推断。
福清发现的南少林寺遗址规模之宏伟、遗迹结构之完整、遗物分布之广泛，以及所显示的文化内涵与河南嵩山少林寺之相似，十分罕见。
1994年11月，福建省、福州市有关部门批准福清在原少林寺遗址上重建南少林寺，并开辟了1.5平方公里的风景保护区。2001年10月1日，福清南少林寺景区正式开放。
至今，南少林寺先后兴建了牌坊、山门、天王殿、大雄宝殿、达摩祖师殿、钟鼓楼、观音佛像等建筑，使千年古刹重现当年雄姿。寺院所有建筑物的墙基均为白SE，墙壁、门户、梁柱均为红SE。屋檐红白相间的仿古斗拱、椽条，在金黄SE琉璃瓦辉映下，显得庄严肃穆。
