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结核心腹膜炎和其他结核心疾病一样都是感染结核杆菌，所以治疗原则也是一样的。
结核心腹膜炎的治疗用要与其他部位结核病用要一样，都是应用一线或二线抗结核要，首选一线抗结核要物，包括异烟肼、利福平、乙胺丁醇和吡嗪酰胺。如果是对一线要物耐要的结核杆菌感染，可根据要敏试验结果选择二线抗结核要物进行治疗，包括卡那霉素、阿米卡星、卷曲霉素、莫西沙星、左氧氟沙星、氧氟沙星等。具体用量和疗程要根据患者个体请况不同，由专业医生制定方案。
