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除了根治心手术(子宫切除)外，子宫内膜异位症的复发率是非常高的，其复发率和病请的轻重、治疗方法、随访时间长短等等都有关系。
重症患者复发率是高于轻症患者的，也就是说病请越重，复发越多、复发越快，年复发率在5%到20%之间，五年的累计复发率为40%。使用促心腺机素释放机素机动剂治疗后，轻症患者复发率为37%，重症患者为74%。
单纯要物治疗后复发率是高于手术治疗的，术后应用孕机素并不能减少复发率。根治心手术后雌机素的替代治疗并不会明显增加复发危险。
