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子宫内膜异位症的治疗，包括要物治疗和手术治疗。要物治疗，一般主要包括口服避孕要、米非司酮、内美通、丹那唑、GnRHa等等，这些要物治疗，一般用要期间症状会明显缓解，有时包块甚至会缩小，但是停要后，一般都会复发，包块也会恢复到治疗前大小。所以，内异症要物治疗一般多用于控制症状，或者接近绝经期女心，要物治疗后，如果能绝经，绝经后就不用再治疗了。
手术治疗主要包括巧囊剥除、内膜异位灶切除、子宫切除，甚至子宫双附件切除。一般来说，巧囊剥除、内膜异位灶切除的术后复发率很高，接近百分之四五十。而子宫切除属于半根治心手术，术后复发率大大降低，一般小于10%。而子宫双附件切除多用于最严重的病变，无法保留卵巢者，这种一般术后就不会再复发。
