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新生儿脑积水也可以采取手术治疗，可选择脑室-腹腔分流术，但手术后容易并发分流不足、分流过度、分流管梗阻及感染等。
有条件的也可在内镜下微创手术治疗，这个不需要终生带管。其中，软心内镜是一种新的工具，其外径仅有3.8mm，相当于筷子粗细。由于其柔软、纤细、灵活的特心，在脑积水的诊断和治疗中有其独特优势，因为它创伤更小，恢复更快，效果更佳。
