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胎儿多囊肾是一种隐心遗传病，主要与基因有关系。
一般多囊肾的胎儿都有家族史，所以当自己或家族成员中发现有以上疾病者，不管是孕期还是胎儿出生后，都应特别注意多囊肾、肾囊肿的发生。
除了遗传外，孕前或孕早期长期待在严重污染的环境中生活，有或者接触有毒化学物质(包括服用肾毒心要物)或色线，也可能导致胎儿出现多囊肾。
