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1、接种疫苗后需要2周左右才能产生抗体，抗体浓度在4-6周后达到最高。如果在接种后不到2周就感染，疫苗的保护作用可能还未产生；
2、疫苗中包含的毒株，不一定是当年流行的毒株。流感疫苗的生产是在流感季来临前，是根据当年可能流行的毒株的预测而设计生产的。接种后感染的毒株可能和疫苗中所包含的毒株不同，因此不一定能够提供保护；
3、疫苗的效能受到很多因素的影响，包括接种者自身的请况（年龄和健康状况），疫苗中包含的毒株和流行毒株的匹配程度等。
4、有些呼吸道病毒感染会有类似流感的症状，会让人误以为得了流感。
