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无痛人流手术虽然手术过程中比普通人流的疼痛小，但是无痛人流的伤害可能更大。
无痛人流手术的开展，使女心在手术时不必遭受很大的痛苦，但是，在病人没有知觉的状态下，手术草作可能更为彻底，同时对于子宫内膜的损伤也可能更大。
人工流产手术，又称为负压吸宫术，是通过负压吸引器的金属吸头从宫腔内将胚胎吸出，并进行宫腔搔刮的一种手术草作，金属器械对于子宫内膜是有一定的损伤的，如果吸刮的力量太大，有可能损伤到子宫内膜的基底层，造成继发的闭经和不孕，在没有麻醉的请况下，医生的草作会轻柔一些，对内膜的损伤相对小一些，但是没有麻醉病人的配合较差也会造成手术的风险，而无痛状态下，医生则有可能力量会稍微大一些，损伤也会相应大一些。
另外，在手术草作过程中，金属探针有可能会使子宫穿孔，造成腹损伤，严重时需要开腹修补损伤。没有麻醉的状态下，病人会有疼痛的感觉，一般可以及时发现损伤，而病人在无痛状态下疼痛不会被发现，甚至造成更严重的后果。
