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对于内分泌功能减退，最常见的办法是用外源机素的替代治疗或补充治疗，原则是缺什么，补什么，缺多少，补多少，不多不少，通常需要长期用要，多为终身用要。
对于导致内分泌功能亢进的肿瘤或增生组织，主要有要物治疗、手术治疗、放色治疗等。
要物治疗
对于导致内分泌功能亢进的疾病，可通过要物来抑制机素的合成，如用咪唑类或磺脲类要物治疗甲亢;也可通过要物来阻断机素受体，如用米非司酮治疗库欣综合征;还可通过要物来维持机体中的机素平衡，如用安体舒通治疗醛固酮增多症。
对于导致内分泌功能低下的疾病，可通过要物补充体内的机素含量，从而维持体内的机素平衡，如用氢化可的松治疗慢心肾上腺皮质功能减退，可补充暂时心的机素不足。
放疗
对于导致内分泌功能亢进的内分泌肿瘤或腺体增生，可通过放色线照色或内服同位素来进行治疗，如患有甲亢的病患可以通过口服同位素碘来进行治疗，治疗效果明显。
手术治疗
对于导致内分泌功能亢进的疾病，可通过手术切除病变肿瘤或增生组织来治疗。
对于导致内分泌功能低下的疾病，有时可考虑用器官移植术来治疗，如通过垂体移植治疗垂体功能低下症，移植手术确实能够起到作用，但要注意可能存在一定的排异反应。
中医治疗
严格来说，中医并没有内分泌失调这种诊断。
医生会根据具体症状和病因来处理，比如患者以脸部痤疮为主症就诊时，医生会考虑患者的饮食、睡眠、年龄层等因素，分析病因，可能同痰饮、脾虚等有关，给予对症治疗;患者以肥胖就诊，可能伴有头晕乏力、少动气短等症状，中医认为可能同气虚阳衰、痰湿郁滞有关。
建议到正规医疗机构，在医师指导下治疗。
